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1. (WO2003078962) DETECTION AND QUANTIFICATION OF MODIFIED PROTEINS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/078962    International Application No.:    PCT/US2003/007527
Publication Date: 25.09.2003 International Filing Date: 11.03.2003
Chapter 2 Demand Filed:    14.10.2003    
IPC:
G01N 33/68 (2006.01)
Applicants: PRESIDENT AND FELLOWS OF HARVARD COLLEGE [US/US]; 17 Quincy Street, Cambridge, MA 02138 (US) (For All Designated States Except US).
GYGI, Steven, P. [US/US]; (US) (For US Only).
JUNMIN, Peng [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: GYGI, Steven, P.; (US).
JUNMIN, Peng; (US)
Agent: REES, Dianne, M.; Edwards & Angell LLP, P.O. Box 9169, Boston, MA 02209 (US)
Priority Data:
60/363,179 11.03.2002 US
Title (EN) DETECTION AND QUANTIFICATION OF MODIFIED PROTEINS
(FR) DETECTION ET QUANTIFICATION DE PROTEINES MODIFIEES
Abstract: front page image
(EN)The invention provides a method detecting and quantifying proteins by mass spectrophotometric analysis using peptide internal standards and provides a highly sensitive way of detecting protein modifications. In one aspect, the invention provides a method for determining a site of ubiquitination in a polypeptide and for evaluating ubiquitination targets in a population of polypeptides. In this way, a proteome ubiquitination map can be obtained which comprises information relating to the ubiquitination states of a plurality of cellular polypeptides. Maps can be obtained for a variety of different types of cells and cell states. For example, ubiquitination targets in normal and diseased cells can be evaluated. Preferably, the map is stored as data files in a database. Individual ubuquitinated polypeptides identified can be used to generate molecular probes diagnostic of a cell state and/or can serve as targets for agents that modulate one or more cellular processes.
(FR)L'invention concerne un procédé permettant de détecter et de quantifier des protéines par analyse spectrophotométrique de masse au moyen d'étalons internes peptidiques. Le procédé décrit dans l'invention constituant un moyen de détection des modifications des protéines extrêmement précis. Un aspect de cette invention concerne un procédé permettant de déterminer un site d'ubiquitination dans un polypeptide et d'évaluer les cibles d'ubiquitination dans une population de polypeptides. Ainsi, une carte de l'ubiquitination d'un protéome peut être obtenue; elle contient des informations relatives aux états d'ubiquitination d'une multitude de polypeptides cellulaires. Les cartes peuvent être obtenues pour une multitude de différents types de cellules et d'états cellulaires. Par exemple, les cibles d'ubiquitination dans des cellules normales et dans des cellules malades peuvent être évaluées. De préférence, la carte est stockée sous la forme d'un fichier de données dans une base de données. Des polypeptides ubiquitinés isolés identifiés peuvent être utilisés pour produire des diagnostics par sondes moléculaires d'un état cellulaire et/ou ils peuvent servir en tant que cibles pour des agents modulant un ou plusieurs processus cellulaires.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)