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1. (WO2003076575) THE COMPLETE GENOME AND PROTEIN SEQUENCE OF THE HYPERTHERMOPHILE METHANOPYRUS KANDLERI AV19 AND MONOPHYLY OF ARCHAEL METHANOGENS AND METHODS OF USE THEREOF
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/076575    International Application No.:    PCT/US2003/006664
Publication Date: 18.09.2003 International Filing Date: 04.03.2003
IPC:
A01N 43/04 (2006.01), A01N 63/00 (2006.01), A01N 65/00 (2009.01), A61K 31/70 (2006.01), C07H 21/02 (2006.01), C07H 21/04 (2006.01), C12N 15/00 (2006.01), C12N 5/00 (2006.01), C12N 5/02 (2006.01)
Applicants: FIDELITY SYSTEMS, INC., et al. [US/US]; 7961 Cessna Avenue Gaithersburg, MD 20879 (US) (For All Designated States Except US).
SLESAREV, Alexei, I. [RU/US]; (US) (For US Only).
MALYKH, Andrei [RU/US]; 21504 Sun Garden Ct., Germantown, MD 20876-6942 (US) (For US Only).
PAVLOV, Andrey [RU/US]; (US) (For US Only).
PAVLOVA, Nadezhda [RU/US]; (US) (For US Only).
KOZYAVKIN, Sergei [UA/US]; (US) (For US Only)
Inventors: SLESAREV, Alexei, I.; (US).
PAVLOV, Andrey; (US).
PAVLOVA, Nadezhda; (US).
KOZYAVKIN, Sergei; (US)
Agent: PETERSEN, Steven, C.; Hogan & Hartson L.L.P., 1200 17th Street, Suite 1500, Denver, CO 80202 (US)
Priority Data:
60/361,742 04.03.2002 US
60/380,423 14.05.2002 US
60/410,974 16.09.2002 US
Title (EN) THE COMPLETE GENOME AND PROTEIN SEQUENCE OF THE HYPERTHERMOPHILE METHANOPYRUS KANDLERI AV19 AND MONOPHYLY OF ARCHAEL METHANOGENS AND METHODS OF USE THEREOF
(FR) GENOME ET SEQUENCE PROTEINIQUE COMPLETS DE METHANOPYRUS KANDLERI AV19 HYPERTHERMOPHILE, MONOPHYLETISME DES ARCHAEA METHANOGENES, ET METHODES D'UTILISATION
Abstract: front page image
(EN)We have determined the complete 1,694,969 nucleotide sequence of the GC-rich genome of Methanopyrus kandleri using a novel approach. It is based on unlinking genomic DNA with the ThermoFidelase version of M. kandleri topoisomerase V and cycle sequencing directed by 2'-modified oligonucleotides (Fimers). 3.3x sequencing redundancy was sufficient to assemble the genome with < 1 error per 40 kb. Using a combination of sequence database searches and coding potential prediction, 1692 protein-coding genes and 39 genes for structural RNAs were identified. M. kandleri proteins show an unusually high content of negatively charged amino acids, which might be an adaptation to its high intracellular salinity. Previous phylogenetic analysis of 16S RNA suggested that M. kandleri belonged to a very deep branch, close to the root of the archaeal tree. However, genome comparisons, using both trees constructed from concatenated alignments of ribosomal proteins and trees based on gene content, indicate that M. kandleri consistently groups with other archaeal methanogens. M. kandleri shares the set of genes implicated in methanogenesis and, in part, its operon organization with Methanococcus jannaschii and Methanothermobacter thermoautotrophicus. These findings indicate that archaeal methanogens are monophyletic. A distinctive feature of M. kandleri is the paucity of proteins involved in signaling and regulation of gene expression. Also, M. kandleri appears to have fewer genes acquired via lateral transfer than other archaea. These features might reflect the extreme habitat of this organism.
(FR)L'invention concerne une nouvelle approche, qui a permis de déterminer la séquence nucléotidique 1.694.969 complète du génome riche en GC de Methanopyrus kandleri. Cette approche est fondée sur la dissociation de l'ADN génomique de la version ThermoFidelase de la topoisomérase V de M. kandleri, et sur un séquençage du cycle dirigé par des oligonucléotides modifiés par 2' (Fimers). Une redondance du séquençage (3,3x) était suffisante pour assembler le génome avec moins d'une erreur par 40 kb. En combinant des recherches dans des bases de données de séquençage et une prédiction potentielle de codage, on a pu identifier 1692 gènes codant des protéines et 39 gènes d'ARN structurels. Les protéines de M. kandleri présentent une concentration inhabituellement élevée d'acides aminés chargés négativement, qui pourrait être due à une adaptation de sa salinité intracellulaire élevée. Une analyse phylogénique antérieure de l'ARN 16S donne à penser que M. kandleri appartenait à une branche très profonde, proche de la racine de l'arbre des archaea. Toutefois, des comparaisons génomiques, qui utilisent les deux arbres construits à partir d'alignements concaténés de protéines ribosomiques et des arbres basés sur le contenu génétique, indiquent que M. kandleri se regroupe systématiquement avec d'autres archaea méthanogènes. M. kandleri partage avec Methanococcus jannaschii et Methanothermobacter thermoautotrophicus le groupe de gènes impliqué dans la méthanogenèse et, en partie, l'organisation de ses opérons. Ces conclusions indiquent que les archaea méthanogènes sont monophylétiques. Un aspect distinctif de M. kandleri est sa rareté en protéines impliquées dans la signalisation et la régulation de l'expression génétique. D'autre part, M. kandleri semble avoir moins de gènes acquis par transfert latéral que d'autres archaea. Ces caractéristiques pourraient s'expliquer par les conditions extrêmes de l'habitat de cet organisme.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)