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1. (WO2003074697) METHOD OF MODIFYING PROTEIN PROPERTIES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/074697    International Application No.:    PCT/JP2003/002495
Publication Date: 12.09.2003 International Filing Date: 04.03.2003
Chapter 2 Demand Filed:    21.08.2003    
IPC:
C12N 9/00 (2006.01)
Applicants: NATIONAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY AND EVALUATION [JP/JP]; 2-49-10 CNishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066 (JP) (For All Designated States Except US).
AJINOMOTO CO., INC. [JP/JP]; 15-1, Kyobashi 1-chome, Chuo-ku, Tokyo 104-8315 (JP) (For All Designated States Except US).
NISHIO, Yosuke [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KIMURA, Eiichiro [JP/JP]; (JP) (For US Only).
USUDA, Yoshihiro [JP/JP]; (JP) (For US Only).
IKEO, Kazuho [JP/JP]; (JP) (For US Only).
NAKAMURA, Yoji [JP/JP]; (JP) (For US Only).
GOJOBORI, Takashi [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KAWARABAYASHI, Yutaka [JP/JP]; (JP) (For US Only).
HINO, Yumi [JP/JP]; (JP) (For US Only).
HORI, Eiichi [JP/JP]; (JP) (For US Only).
YAMAZAKI, Jun [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: NISHIO, Yosuke; (JP).
KIMURA, Eiichiro; (JP).
USUDA, Yoshihiro; (JP).
IKEO, Kazuho; (JP).
NAKAMURA, Yoji; (JP).
GOJOBORI, Takashi; (JP).
KAWARABAYASHI, Yutaka; (JP).
HINO, Yumi; (JP).
HORI, Eiichi; (JP).
YAMAZAKI, Jun; (JP)
Agent: KAWAGUCHI, Yoshiyuki; Acropolis 21 Building, 6th floor, 4-10, Higashi Nihonbashi 3-chome, Chuo-ku, Tokyo 103-0004 (JP)
Priority Data:
2002-57863 04.03.2002 JP
Title (EN) METHOD OF MODIFYING PROTEIN PROPERTIES
(FR) PROCEDE DE MODIFICATION DES PROPRIETES D'UNE PROTEINE
Abstract: front page image
(EN)Properties of a protein are modified by the following steps: (a) selecting 1,000 or more pairs of genes orthologous with each other from among genes encoded respectively by genomes of a first microorganism and a second microorganism which is closely related to the first microorganism but different from it in the optimum growth conditions; (b) concerning each gene pair thus selected, detecting amino acid substitutions between the amino acid sequence encoded by the gene of the first microorganism and the amino acid sequence encoded by the gene of the second microorganism and counting the thus detected amino acid substitutions for every amino acid substitution mode to thereby calculate the amino acid substitution frequency; provided that every amino acid substitution count is corrected by subtracting the amino acid substitution count in the opposite direction from it; (c) an amino acid substitution having a frequency at the high-order is identified as an amino acid substitution participating in the optimum growth conditions inherent to the second microorganism; and (d) transferring one or more amino acid substitutions identified in the above (c) into the gene encoding the protein as described above to thereby modify the properties of the protein.
(FR)Selon cette invention, les propriétés d'une protéine sont modifiées au moyen du procédé comprenant les étapes consistant : (a) à sélectionner au moins 1000 paires de gènes orthologues à partir de gènes codés respectivement par des génomes d'un premier micro-organisme et d'un deuxième micro-organisme qui est étroitement lié audit premier micro-organisme mais qui diffère toutefois de celui-ci dans les conditions de croissance optimales ; (2) à examiner chaque paire de gènes ainsi sélectionnée, à détecter des substitutions d'acide aminé entre la séquence d'acide aminé codée par le gène du premier micro-organisme et la séquence d'acide aminé codée par le gène du deuxième micro-organisme et à dénombrer les substitutions d'acide aminé ainsi détectées pour chaque mode de substitution d'acide aminé afin de calculer la fréquence de substitution d'acide aminé, sous réserve que chaque dénombrement de substitution d'acide aminé soit modifié par la soustraction du dénombrement d'acide aminé dans la direction inverse ; (c) à identifier la substitution d'acide aminé présentant une fréquence d'ordre supérieur comme étant une substitution d'acide aminé intervenant dans les conditions de croissance optimales inhérentes au deuxième microorganisme ; et (d) à transférer une ou plusieurs substitutions d'acide aminé identifiées dans l'étape (c) dans le gène codant la protéine afin de modifier les propriétés de cette protéine.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)