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1. (WO2003056458) EST ARRANGEMENT MAPPING METHOD AND MAPPING PROGRAM
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/056458    International Application No.:    PCT/JP2002/013648
Publication Date: 10.07.2003 International Filing Date: 26.12.2002
Chapter 2 Demand Filed:    25.07.2003    
IPC:
G06F 17/30 (2006.01)
Applicants: CENTER FOR ADVANCED SCIENCE AND TECHNOLOGY INCUBATION, LTD. [JP/JP]; Shin-Marunouchi Bldg., 5-1, Marunouchi 1-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 100-0005 (JP) (For All Designated States Except US).
MORISHITA, Shinichi [JP/JP]; (JP) (For US Only).
OGASAWARA, Jun [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: MORISHITA, Shinichi; (JP).
OGASAWARA, Jun; (JP)
Agent: YOSHIDA Satoshi; First Floor, Akasaka Yamada Bldg., 21-8, Akasaka 2-chome, Minato-ku, Tokyo 107-0052 (JP)
Priority Data:
2001-396217 27.12.2001 JP
Title (EN) EST ARRANGEMENT MAPPING METHOD AND MAPPING PROGRAM
(FR) PROCEDE DE MAPPAGE D'UN SCHEMA EST ET PROGRAMME DE MAPPAGE
Abstract: front page image
(EN)An EST arrangement is aligned at a high speed by an algorithm for inserting a small number of long gaps. Firstly, by referencing a map table indicating the positions where primary keys of a predetermined length appear, a position (302) equivalent to a prefix (301) of the EST arrangement is found in the genome arrangement and the prefix is aligned. By referencing the map table, a position (312) equivalent to a suffix (311) of the EST arrangement is found in the genome arrangement and the suffix is aligned. Next, a first partial string present between the prefix and the suffix in the EST arrangement is aligned with a second partial string present between the arrangement equivalent to the prefix aligned and the arrangement equivalent to the suffix (arrows 311, 322) in the genome arrangement.
(FR)Un schéma EST est aligné à une vitesse élevée par un algorithme destiné à l'insertion d'un petit groupe d'intervalles longs. A un premier stade, le référencement d'une table de mappage indiquant les positions dans lesquelles apparaissent les clés primaires d'une longueur prédéterminée, une position (302) qui équivaut à un préfixe (310) du schéma EST est détectée dans le schéma du génome, et le préfixe est aligné. Par le reférencement de la table de mappage, une position (312) équivalant à un suffixe (311) du schéma EST est détectée dans le schéma du génome, et le suffixe est aligné. Au stade suivant, une première chaîne partielle présente entre le préfixe et le suffixe dans le schéma EST est alignée sur une deuxième chaîne partielle présente entre le schéma équivalant au préfixe aligné et le schéma équivalant au suffixe (flèches 311, 322) dans le schéma du génome.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)