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1. (WO2003054224) METHOD AND INTEGRATED DEVICE FOR THE DETECTION OF CYTOSINE METHYLATIONS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/054224    International Application No.:    PCT/DE2002/004507
Publication Date: 03.07.2003 International Filing Date: 05.12.2002
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: EPIGENOMICS AG [DE/DE]; Kastanienallee 24, 10435 Berlin (DE) (For All Designated States Except US).
BERLIN, Kurt [DE/DE]; (DE) (For US Only)
Inventors: BERLIN, Kurt; (DE)
Agent: SCHUBERT, Klemens; Neue Promenade 5, 10178 Berlin-Mitte (DE)
Priority Data:
101 60 983.3 05.12.2001 DE
Title (DE) VERFAHREN UND INTEGRIERTE VORRICHTUNG ZUM NACHWEIS VON CYTOSINMETHYLIERUNGEN
(EN) METHOD AND INTEGRATED DEVICE FOR THE DETECTION OF CYTOSINE METHYLATIONS
(FR) PROCEDE ET DISPOSITIF INTEGRE PERMETTANT DE DECELER DES METHYLATIONS DE LA CYTOSINE
Abstract: front page image
(DE)Die vorliegende Erfindung beschreibt ein Verfahren zum Nachweis von DNA-Polymorphismen und Cytosin-Methylierung, dadurch gekennzeichnet, dass man die folgenden Schritte ausgeführt: a) man gewinnt die zu untersuchende DNA aus einer Probe; b) die zu untersuchende DNA wird, falls eine Cytosin-Methylierungsanalyse durchgeführt werden soll, chemisch und/oder enzymatisch behandelt; c) die zu untersuchende DNA wird in einer Polymeraseraktion amplifiziert, wobei ein Primer in Lösung vorliegt und ein Primer an die Oberfläche einer Festphase gebunden ist und wobei mindestens einer der Primer aus zwei Domänen besteht, wobei die am 3'-Ende befindliche an die zu untersuchende DNA hybridisiert, während die am 5'-Ende befindliche nicht hybridisiert; d) die in Schritt c) amplifizierte DNA wird erneut amplifiziert, wobei die Primer dieser zweiten Amplifikation an die am 5'-Ende befindliche Domäne mindestens eines der ersten Primer hybridisieren oder zu ihr identisch sind und wobei diese Primer für die zweite Amplifikation mit einer nachweisbaren Markierung versehen sind; e) die Amplifikate werden an Oligonukleotide und/oder PNA-Oligomere hybridisiert, welche an eine Festphase gebunden sind, die in der Amplifikation nicht als Primer fungieren, und aus der Hybridisierung auf Sequenzmerkmale oder Methylierungsmuster der zu untersuchenden DNA geschlossen.
(EN)The invention relates to a method for detecting DNA polymorphisms and cytosine methylation, consisting of the following steps: a) DNA is extracted from a sample for analysis; b) if a cytosine methylation analysis is carried out, the DNA is chemically and/or enzymatically treated; c) the DNA is amplified in a polymerase reaction using a dissolved primer, and another primer is attached to the surface of a solid phase. At least one of the primers consists of two domains. The domain located at the 3' end hybridizes with the DNA, whereas the domain located at the 5' end does not hybridize; d) the DNA amplified in step c) is amplified once again. The primers of the second amplification hybridize with the domain located at the 5' end of at least one of the first primers or are identical therewith. The primers used for the second amplification contain a detectable marker; e) the amplified substances are hybridized with oligonucleotides and/or PNA oligomers that are bound to a solid phase which does not act as a primer during amplification. Sequential features or methylation patterns are detected by means of the hybridization.
(FR)La présente invention concerne un procédé permettant de déceler des polymorphismes de l'ADN et une méthylation de la cytosine. Ce procédé consiste a) à extraire l'ADN à analyser d'un prélèvement; b) à traiter par voie chimique et/ou enzymatique l'ADN à analyser si une analyse de la méthylation de la cytosine est à effectuer ; c) à amplifier l'ADN à analyser dans une réaction de polymérase, une amorce étant présente dans la solution et une amorce étant liée à la surface d'une phase solide, au moins une de ces amorces étant constituée de deux domaines, celui situé à l'extrémité 3' étant hybridé à l'ADN à analyser mais celui situé à l'extrémité 5' n'étant pas hybridé ; d) à procéder à une nouvelle amplification de l'ADN amplifié en c), l'amorce de cette deuxième amplification étant hybridée au domaine situé à l'extrémité 5' d'au moins une première amorce ou lui étant identique, ces amorces de la deuxième amplification étant dotées d'une marque décelable ; e) à hybrider les produits d'amplification aux oligonucléotides et/ou aux oligomères PNA qui sont liés à une phase solide et ne fonctionnent pas comme amorces dans l'amplification. L'hybridation permet de tirer des conclusions sur les caractéristiques de séquence ou le modèle de méthylation de l'ADN à analyser.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: German (DE)
Filing Language: German (DE)