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1. (WO2003001335) PLATFORM FOR MANAGEMENT AND MINING OF GENOMIC DATA
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2003/001335    International Application No.:    PCT/US2002/019877
Publication Date: 03.01.2003 International Filing Date: 24.06.2002
IPC:
G06F 19/20 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01)
Applicants: GENE LOGIC, INC. [US/US]; 708 Quince Orchard Road, Gaithersburg, MD 20878 (US) (For All Designated States Except US).
MARKOWITZ, Victor M. [IL/US]; (US) (For US Only).
TOPALOGLOU, Thodoros [GR/US]; (US) (For US Only).
MCLOUGHLIN, Kevin [CA/US]; (US) (For All Designated States Except US).
CAMPBELL, John [US/US]; (For US Only).
KRYLOV, Dmitry [RU/US]; (For US Only).
CHEN, I-Min A. [US/US]; (US) (For US Only).
KOSKY, Anthony [GB/US]; (For US Only).
CHANG, Alex [CA/US]; (For US Only).
BOGORAD, Walter [RU/US]; (For US Only)
Inventors: MARKOWITZ, Victor M.; (US).
TOPALOGLOU, Thodoros; (US).
CAMPBELL, John; .
KRYLOV, Dmitry; .
CHEN, I-Min A.; (US).
KOSKY, Anthony; .
CHANG, Alex; .
BOGORAD, Walter;
Agent: PRATT, John S.; 1100 Peachtree Street, Suite 2800, Atlanta, GA 30309 (US)
Priority Data:
60/299,741 22.06.2001 US
Title (EN) PLATFORM FOR MANAGEMENT AND MINING OF GENOMIC DATA
(FR) PLATEFORME POUR GESTION ET EXPLOITATION DE DONNEES GENOMIQUES
Abstract: front page image
(EN)A software platform for analyzing gene expression, gene annotation, and sample information in a relational format comprises a gene expression module (200) with a data warehouse (210) for storing quantitative gene expression measurements for tissues and cell lines screened using various assays, information on bio-samples (404) and donors, experimental information, and a gene index comprising curated information from external information sources. A connection module (300) permits loading of more than one source of gene expression, gene annotation into the data warehouse (210) so that it may be searched in combination with pre-existing data in the warehouse. A user interface provides for loading user-derived data, initiating searches and for visualizing search results.
(FR)Cette invention concerne une plateforme logicielle permettant d'analyser l'expression de gènes, l'annotation de gènes et des informations sur des échantillons dans un format relationnel, qui comprend un module d'expression génique avec un dépôt de données pour le stockage de relevés d'expression génique quantitative relatifs à tissus et des lignées cellulaires criblées au moyen de diverses analyses, des informations sur des bio-échantillons et des donneurs, des informations à caractère expérimental et un index de gènes renfermant des informations bien agencées provenant de sources d'information extérieures. Un module de connexion permet de charger plusieurs sources d'expression génique et d'annotation génique dans le dépôt de données pour que ce dernier puisse interrogé en combinaison avec des données pré-existantes dans ce dépôt. Une interface utilisateur permet de charger des données fournies par les utilisateurs, de lancer des recherches de d'en visualiser les résultats.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)