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1. (WO2002031205) METHOD FOR RAPID SUBTRACTION HYBRIDIZATION TO ISOLATE A GENE WHICH IS DIFFERENTIALLY EXPRESSED BETWEEN TWO POPULATIONS OF CELLS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2002/031205    International Application No.:    PCT/US2001/031811
Publication Date: 18.04.2002 International Filing Date: 11.10.2001
Chapter 2 Demand Filed:    09.05.2002    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE TRUSTEES OF COLUMBIA UNIVERSITY IN THE CITY OF NEW YORK [US/US]; 116th Street and Broadway, New York, NY 10027 (US) (For All Designated States Except US).
FISHER, Paul, B. [US/US]; (US) (For US Only).
JIANG, Hongping [CN/US]; (US) (For US Only)
Inventors: FISHER, Paul, B.; (US).
JIANG, Hongping; (US)
Agent: TANG, Henry; Baker Botts LLP, 30 Rockefeller Plaza, New York, NY 10112-0228 (US)
Priority Data:
09/687,631 13.10.2000 US
Title (EN) METHOD FOR RAPID SUBTRACTION HYBRIDIZATION TO ISOLATE A GENE WHICH IS DIFFERENTIALLY EXPRESSED BETWEEN TWO POPULATIONS OF CELLS
(FR) METHODE D'HYBRIDATION PAR SOUSTRACTION RAPIDE POUR ISOLER UN GENE A EXPRESSION DIFFERENTIELLE ENTRE DEUX POPULATIONS DE CELLULES
Abstract: front page image
(EN)The present invention provides for methods for rapid subtraction hybridization of two pools of double-stranded cDNA to isolate a differentially expressed gene which comprises: isolating RNA from a first and a second population of cells; producing a first and second double-stranded cDNA pool; admixing the first and second pools of cDNA separately with a first restriction enzyme; admixing the digested first pool and second pool of cDNA with an appropriate amount of a double-stranded oligonucleotide; wherein the oligonucleotide sequence comprises (i) an internal recognition site for a second restriction enzyme and (ii) a ligatable cohesive end at one end which is capable of hybridizing with a ligatable cohesive end resulting from digestion of the first pool of cDNA with the first restriction enzyme; performing two separate polymerase chain reactions (PCR) using an aliquot of the ligation mixture (tester cDNA or driver cDNA) admixed with a PCR primer; digesting the PCR products of the tester cDNA with the second restriction enzyme under appropriate digestion conditions; admixing an aliquot of the digestion product (tester cDNA) with an excess of driver cDNA PCR products under hybridization conditions, so as to isolate a differentially expressed gene from among the two pools of double-stranded DNA.
(FR)L'invention concerne des méthodes d'hybridation par soustraction rapide de deux ensembles d'ADNc à double brin permettant d'isoler un gène à expression différentielle, consistant à: isoler l'ARN d'une première et d'une seconde population de cellules; produire un premier et un second ensemble d'ADNc à double brin; ajouter séparément aux premier et second ensembles d'ADNc une enzyme de restriction; ajouter aux premier et second ensembles digérés d'ADNc une quantité appropriée d'oligonucléotide à double brin; la séquence oligonucléotidique comportant: (a) un site de reconnaissance interne pour une seconde enzyme de restriction, et (b) une extrémité cohésive apte à la ligature dans une extrémité pouvant s'hybrider avec une extrémité cohésive apte à la ligature provenant de la digestion du premier ensemble d'ADNc par la première enzyme de restriction; réaliser deux réactions en chaîne de la polymérase (PCR) séparées en faisant intervenir une partie aliquote du mélange de ligature (ADNc d'essai ou ADNc « driver ») incorporé à l'amorce PCR; faire digérer les produits PCR de l'ADNc d'essai avec la seconde enzyme de restriction dans des conditions de digestion appropriées; ajouter une partie aliquote du produit de digestion (ADNc d'essai) à un excèdent de produits PCR ADNc dans des conditions d'hybridation, afin d'isoler un gène à expression différentielle dans les deux ensembles d'ADN à double brin.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)