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1. (WO2001090313) METHODS FOR ASSAYING GENE IMPRINTING AND METHYLATED CpG ISLANDS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2001/090313    International Application No.:    PCT/US2001/016253
Publication Date: 29.11.2001 International Filing Date: 22.05.2001
Chapter 2 Demand Filed:    13.12.2001    
IPC:
A01K 67/027 (2006.01), A61P 35/00 (2006.01), C12N 15/09 (2006.01), C12N 5/074 (2010.01), C12N 5/10 (2006.01), C12Q 1/02 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY [US/US]; 111 Market Place, Suite 906, Baltimore, MD 21202 (US) (For All Designated States Except US).
FEINBERG, Andrew [US/US]; (US) (For US Only).
STRICHMAN-ALMASHANU, Liora [US/US]; (US) (For US Only).
JIANG, Shan [CN/US]; (US) (For US Only)
Inventors: FEINBERG, Andrew; (US).
STRICHMAN-ALMASHANU, Liora; (US).
JIANG, Shan; (US)
Agent: KAGAN, Sarah, A.; Banner & Witcoff, Ltd., 11th floor, 1001 G Street, N.W., Washington, DC 20001-4597 (US)
Priority Data:
60/206,158 22.05.2000 US
60/206,161 22.05.2000 US
Title (EN) METHODS FOR ASSAYING GENE IMPRINTING AND METHYLATED CpG ISLANDS
(FR) PROCEDES D'ANALYSE D'EMPREINTE DE GENES ET D'ILOTS CPG METHYLES
Abstract: front page image
(EN)Genomic imprinting is a parent of origin-dependent gene silencing that involves marking of alleles in the germline and differential expression in somatic cells of the offspring. Imprinted genes and abnormal imprinting have been implicated in development, human disease, and embryonic stem cell transplantation. We have established a model system for genomic imprinting using pluripotent 8.5 d.p.c. mouse embryonic germ (EG) cell lines derived from an interspecific cross. We find that allele-specific imprinted gene expression has been lost in these cells. However, partial restoration of allele-specific silencing can occur for some imprinted genes after in vitro differentiation of EG cells into somatic cell lineages, indicating the presence of a gametic memory that is separable from allele-specific gene silencing. We have also generated a library containing most methylated CpG islands. A subset of these clones was analyzed and revealed a subdivision of methylated CpG islands into 4 distinct subtypes: CpG islands belonging to high copy number repeat families; unique CpG islands methylated in all tissues; unique methylated CpG islands that are unmethylated in the paternal germline; and unique CpG islands methylated in tumors. This approach identifies a methylome of methylated CpG islands throughout the genome.
(FR)L'empreinte génomique est un parent de l'inhibition de gènes dépendant de l'origine, qui implique le marquage d'allèles dans la lignée germinale et l'expression différentielle dans des cellules somatiques de la progéniture. Des gènes imprimés et une empreinte anormale ont été impliqués dans le développement, les maladies humaines et la transplantation de cellules souches embryonnaires. Nous avons établi un système modèle d'empreinte génomique utilisant des lignées de cellules germinales embryonnaires (EG) pluripotentes de souris 8,5 d.p.c., dérivées d'un croisement interspécifique. L'expression de gènes imprimés spécifique aux allèles a été perdue dans ces cellules. Un rétablissement partiel d'inhibition spécifique aux allèles peut néanmoins survenir pour certains gènes imprimés après une différenciation in vitro de cellules EG dans des lignées de cellules somatiques, ce qui indique la présence d'une mémoire gamétique séparable d'une inhibition de gènes spécifique aux allèles. Nous avons également généré une bibliothèque contenant la plupart des îlots CpG méthylés. Un sous-ensemble de ces clones a été analysé et a montré une subdivision des îlots CpG méthylés en 4 sous-types distincts : îlots CpG appartenant à des familles de séquences répétées à nombre élevé de copies, des îlots CpG uniques méthylés dans tous les tissus, des îlots CpG méthylés uniques qui sont déméthylés dans la lignée germinale paternelle, et des îlots CpG uniques méthylés dans des tumeurs. Cette approche identifie à travers le génome un méthylome d'îlots CpG méthylés.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
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European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)