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1. (WO2001081543) MULTILOCUS REPETITIVE DNA SEQUENCES FOR GENOTYPING BACILLUS ANTHRACIS AND RELATED BACTERIA
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2001/081543    International Application No.:    PCT/US2001/013373
Publication Date: 01.11.2001 International Filing Date: 26.04.2001
Chapter 2 Demand Filed:    16.11.2001    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA [US/US]; Los Alamos National Laboratory LC/BPL, MS D412 Los Alamos, NM 87545 (US)
Inventors: KEIM, Paul, Stephen; (US).
JACKSON, Paul, J.; (US)
Agent: FREUND, Samuel, M.; Los Alamos National Laboratory LC/BPL, MS D412 Los Alamos, NM 87545 (US)
Priority Data:
60/199,911 26.04.2000 US
Title (EN) MULTILOCUS REPETITIVE DNA SEQUENCES FOR GENOTYPING BACILLUS ANTHRACIS AND RELATED BACTERIA
(FR) SEQUENCES D'ADN REPETITIVES MULTILOCUS PERMETTANT DE GENOTYPER BACILLUS ANTHRACIS ET DES BACTERIES ASSOCIEES
Abstract: front page image
(EN)Bacillus anthracis is one of the most molecularly homogenous pathogens described, which makes strain discrimination particularly difficult. The present invention includes a molecular-typing method based upon rapidly evolving variable number tandem repeat (VNTR) loci. Multi-locus VNTR analysis (MLVA) combines the information from multiple alleles at several marker loci. PCR amplification products from eight VNTR regions are detected and sized using fluorescently labeled primers. Five of these eight loci were discovered by characterization of AFLP markers (vvrC¿1?, vrrC¿2?, vrrB¿1?, vrrB¿2? and CG3); two were discovered from complete plasmid nucleotide sequences (pXO1-aat, pXO2-at); and, one was previously known (vrrA). 425 isolates were characterized to identify 89 distinct genotypes. VNTR markers frequently had multiple alleles (from 2 to 8) and diversity (D) values between 0.3 and 0.8. UPGMA cluster analysis identified six genetically distinct groups that appear to represent genetic clones. Some of these clones show worldwide distribution, while others are restricted to particular geographic regions. The present method is also applicable to related bacteria. An additional 28 loci having variable repeat units have been identified by examining the B. anthracis DNA sequence, but these loci have not yet been utilized in the identification of B. anthracis strains.
(FR)L'invention concerne l'un des pathogènes moléculairement le plus homogène, Bacillus anthracis, qui rend la discrimination de souches particulièrement difficile. Cette invention concerne une méthode de typage moléculaire basée sur l'évolution rapide d'un nombre variable de loci de répétition en tandem (VNTR). L'analyse de VNTR multilocus (MLVA) combine des informations provenant de plusieurs allèles au niveau de plusieurs loci de marqueur. Des produits d'amplification PCR provenant de huit régions VNTR sont détectés et dimensionnés à l'aide d'amorces fluorescentes marquées. Cinq de ces huit loci ont été découverts par caractérisation de marqueurs AFLP (vvrC¿1?, vrrC¿2?, vrrB¿1?), (vrrB¿2? et CG3); deux ont été découverts à partir de séquences complètes de nucléotides plasmidiques (pXO1-aat, pXO2-at); et une était déjà connue (vrrA). 425 isolats ont été caractérisés de façon à identifier 89 génotypes distincts. Les marqueurs VNTR possèdent fréquemment plusieurs allèles (de 2 à 8) et une diversité (D) de valeurs comprises entre 0,3 et 0,8. L'analyse de grappes UPGMA a permis d'identifier six groupes génétiquement distincts qui semblent représenter des clones génétiques. Certains de ces clones présentent une répartition planétaire, tandis que d'autres sont limités à des régions géographiques particulières. L'invention peut également s'appliquer à des bactéries associées. 28 loci supplémentaires possédant des unités de répétition variables ont été identifiés par examen de la séquence d'ADN de B. anthracis, mais ces loci n'ont pas encore été utilisés dans l'identification de souches de B. anthracis.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)