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1. (WO2001037147) APPARATUS AND METHOD FOR STRUCTURE-BASED PREDICTION OF AMINO ACID SEQUENCES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2001/037147    International Application No.:    PCT/EP2000/010923
Publication Date: 25.05.2001 International Filing Date: 03.11.2000
Chapter 2 Demand Filed:    03.05.2001    
IPC:
G06F 19/16 (2011.01)
Applicants: ALGONOMICS NV [BE/BE]; Lode de Boningelaan 12, B-8500 Kortrijk (BE) (For All Designated States Except US).
DESMET, Johan [BE/BE]; (BE) (For US Only).
LASTERS, Ignace [BE/BE]; (BE) (For US Only).
VLIEGHE, Dominique [BE/BE]; (BE) (For US Only).
BOUTTON, Carlo [BE/BE]; (BE) (For US Only).
STAS, Philippe [BE/BE]; (BE) (For US Only)
Inventors: DESMET, Johan; (BE).
LASTERS, Ignace; (BE).
VLIEGHE, Dominique; (BE).
BOUTTON, Carlo; (BE).
STAS, Philippe; (BE)
Agent: BIRD, William, E.; Bird Goën & Co, Vilvoordsebaan 92, B-3020 Winksele (BE).
BIRD, Ariane; Bird Goën & Co., Vilvoordsebaan 92, B-3020 Winksele (BE)
Priority Data:
60/163,409 03.11.1999 US
Title (EN) APPARATUS AND METHOD FOR STRUCTURE-BASED PREDICTION OF AMINO ACID SEQUENCES
(FR) DISPOSITIF ET PROCEDE PERMETTANT LA PREVISION STRUCTURELLE DE SEQUENCES D'ACIDES AMINES
Abstract: front page image
(EN)A. Receiving a reference (3D) structure for a protein. B. Substituting into the reference structure of step (A) a pattern, whereby the said pattern consists of one or more of the moduled residue positions defined in step (A), each carrying a particular amino acid residue type in a fixed conformation, and the one or more amino acid residue types of the said pattern are replacing the corresponding amino acid residue types present in the reference structure. C. Optimizing the global conformation of the reference structure of step (A) being substituted by the pattern of step (B). D. Assessing the energetic compatibility of the pattern defined in step (B) within the context of the reference structure defined in step (A) being structurally optimized in step (C) with respect to the said pattern, by way of comparing the global energy of the substituted and optimized protein structure with the global energy of the non-substituted reference structure.
(FR)La présente invention concerne des procédés et un dispositif permettant d'analyser une structure protéique, les procédés comprenant les étapes suivantes: réception d'une structure de référence pour une protéine. Ladite structure de référence correspond à une représentation d'une structure en 3 dimensions de ladite protéine, et la protéine est constituée d'une pluralité de positions de résidus portant chacune un type particulier d'acide aminé de référence dans une conformation spécifique de référence. Les résidus protéiques sont classifiés en un ensemble de positions de résidus modélisées et un ensemble de résidus fixes, ce dernier faisant partie d'un modèle fixe; substitution dans la structure de référence de l'étape (A), d'un motif, ledit motif comprenant une ou plusieurs des positions de résidus modélisées définies dans l'étape (A) portant chacune un type particulier de résidu d'acide aminé dans une conformation fixe, et le(s) type(s) de résidu d'acide aminé dudit motif remplaçant les types de résidus d'acide aminé correspondants, présents dans la structure de référence; optimisation de la conformation globale de la structure de référence de l'étape (A) substituée par le motif de l'étape (B). Pour cela, un procédé d'optimisation de structure protéique adapté est utilisé, ledit procédé se basant sur une fonction permettant d'évaluer la qualité d'une structure protéique globale, ou d'une partie quelconque de celle-ci. En même temps que ledit procédé d'optimisation, est utilisé un procédé de recherche de conformation. Ledit procédé d'optimisation de structure est appliqué à toutes les positions de résidus définies dans l'étapes (A), ne se trouvant pas dans une des positions de résidus du motif définies dans l'étape (B), et le motif et les modèles de résidus modélisées restent fixes; évaluation de la compatibilité énergétique du motif défini dans l'étape (B), la structure de référence définie dans l'étape (A) ayant été optimisée du point de vue structurel dans l'étapes (C) vis-à-vis dudit motif, par comparaison de l'énergie globale de la structure protéique substituée et optimisée avec l'énergie globale de la structure de référence non substituée; et enregistrement d'une valeur correspondant à la compatibilité énergétique du motif, ainsi que d'informations liées à la structure du motif sous la forme d'un objet de compatibilité énergétique.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)