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1. (WO2001036687) SIMULTANEOUS HYBRIDIZATION/PRIMING FOR SNP ANALYSIS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.: WO/2001/036687 International Application No.: PCT/US2000/042117
Publication Date: 25.05.2001 International Filing Date: 13.11.2000
Chapter 2 Demand Filed: 01.06.2001
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: VAN NESS, Jeffrey[US/US]; US (UsOnly)
QIAGEN GENOMICS, INC.[US/US]; 1725 220th Street Southeast Suite 104 Bothell, WA 98021, US
Inventors: VAN NESS, Jeffrey; US
Agent: PARKER, David, W. ; Seed Intellectual Property Law Group PLLC Suite 6300 701 Fifth Avenue Seattle, WA 98104-7092, US
GOWSHALL, Jon V.; Forrester & Boehmert Franz-Joseph-Str. 38 D-80801 Munchen, DE
Priority Data:
60/165,55015.11.1999US
Title (EN) SIMULTANEOUS HYBRIDIZATION/PRIMING FOR SNP ANALYSIS
(FR) HYBRIDATION-AMORCAGE SIMULTANES DESTINES A L'ANALYSE DU POLYMORPHISME D'UN SEUL NUCLEOTIDE (SNP)
Abstract: front page image
(EN) The detection of variant nucleotides in a nucleic acid template may be achieved by contacting the template with a first oligonucleotide, a second oligonucleotide and a third oligonucleotide. The nucleic acid template has first, second and third regions. The first region is adjacent to and in the 3' direction from the second region, and the first oligonucleotide is substantially complementary to the first region and has a 3' end that is not extendible by a polymerase; the second region is between and adjacent to the first and third regions, and contains a site to be tested for the presence or absence of a variant nucleotide, the second region and second oligonucleotide having an identical number of nucleotides, the second oligonucleotide having a 3' end that is not extendible by a polymerase, and a nucleotide sequence such that (a) the second oligonucleotide hybridizes to the second region when the variant nucleotide in the second region is complementary to the corresponding nucleotide in the second oligonucleotide; and (b) the second oligonucleotide does not hybridize to the second region when the variant nucleotide in the second region is not complementary to the corresponding nucleotide in the second oligonucleotide; and the third region is adjacent to and in the 5' direction from the second region, the third oligonucleotide being substantially complementary to the third region and having a 3' end that is extendible by a polymerase. The template nucleic acid is contacted with the three oligonucleotides under reaction conditions where the 3' end of the third oligonucleotide undergoes an extension by polymerase depending on whether the second region contains the variant nucleotide.
(FR) Selon l'invention, la détection de nucléotides variants dans une matrice d'acides nucléiques peut être réalisée par contact de la matrice avec un premier oligonucléotide, un deuxième oligonucléotide et un troisième oligonucléotide. La matrice d'acides nucléiques possède des première, deuxième et troisième régions. La première région est adjacente à et dans la direction 3' à partir de la deuxième région, et le premier oligonucléotide est sensiblement complémentaire à la première région et possède une extrémité 3' qui ne peut être étendue par une polymérase. La deuxième région est située entre et adjacente aux première et troisième régions, et elle contient un site devant être testé pour la présence ou l'absence d'un nucléotide variant. La deuxième région et le deuxième nucléotide possèdent un nombre identique de nucléotides, le deuxième nucléotide possédant une extrémité 3' qui ne peut être étendue par une polymérase, et une séquence nucléotidique telle que (a) ce deuxième nucléotide s'hybride avec la deuxième région lorsque le nucléotide variant de la deuxième région est complémentaire au nucléotide correspondant dans le deuxième nucléotide, et (b) le deuxième nucléotide ne s'hybride pas avec la deuxième région lorsque le nucléotide variant dans la deuxième région n'est pas complémentaire du nucléotide correspondant dans le deuxième oligonucléotide. La troisième région est adjacente à et dans la direction 5' à partir de la deuxième région, le troisième oligonucléotide étant sensiblement complémentaire de la troisième région et possédant une extrémité 3' qui peut être étendue par une polymérase. La matrice d'acides nucléiques est mise en contact avec les trois oligonucléotides dans des conditions de réaction permettant un allongement par une polymérase de l'extrémité 3' du troisième oligonucléotide seulement si la deuxième région contient le nucléotide variant.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)