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1. (WO2001033438) METHOD FOR GENERATING INFORMATION RELATED TO THE MOLECULAR STRUCTURE OF A BIOMOLECULE
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.: WO/2001/033438 International Application No.: PCT/EP2000/010921
Publication Date: 10.05.2001 International Filing Date: 03.11.2000
Chapter 2 Demand Filed: 03.05.2001
IPC:
C07K 1/00 (2006.01) ,G06F 17/50 (2006.01) ,G06F 19/16 (2011.01) ,C40B 40/06 (2006.01) ,C40B 40/10 (2006.01) ,C40B 40/12 (2006.01)
Applicants: DESMET, Johan[BE/BE]; BE (UsOnly)
LASTERS, Ignace[BE/BE]; BE (UsOnly)
VLIEGHE, Dominique[BE/BE]; BE (UsOnly)
BOUTTON, Carlo[BE/BE]; BE (UsOnly)
STAS, Philippe[BE/BE]; BE (UsOnly)
SPRIET, Jan[BE/BE]; BE (UsOnly)
ALGONOMICS NV[BE/BE]; Lode de Boningelaan 12 B-8500 Kortrijk, BE (AllExceptUS)
Inventors: DESMET, Johan; BE
LASTERS, Ignace; BE
VLIEGHE, Dominique; BE
BOUTTON, Carlo; BE
STAS, Philippe; BE
SPRIET, Jan; BE
Agent: BIRD, William, E. ; Bird Goën & Co Vilvoordsebaan 92 B-3020 Winksele, BE
BIRD, Ariane; Bird Goën & Co. Vilvoordsebaan 92 B-3020 Winksele, BE
Priority Data:
60/163,40803.11.1999US
PCT/EP00/0946025.09.2000EP
Title (EN) METHOD FOR GENERATING INFORMATION RELATED TO THE MOLECULAR STRUCTURE OF A BIOMOLECULE
(FR) PROCÉDÉ PERMETTANT DE GÉNÉRER DES INFORMATIONS RELATIVES À LA STRUCTURE MOLÉCULAIRE D'UNE BIOMOLÉCULE
Abstract: front page image
(EN) A method for generating information related to the molecular structure of a biomolecule, comprising the steps of: (a) receiving a three-dimensional representation of said molecular structure, comprising a first set of residue portions and a template; and (b) modifying the representation of step (a) by at least one optimization cycle. Each optimization cycle comprises the steps of: (b1) perturbing a first representation of the molecular structure by modifying the structure of one or more of the first set of residue portions; (b2) relaxing the perturbed representation by optimizing the structure of one or more of the non-perturbed residue portions of the first set with respect to the one or more perturbed residue portions; (b3) evaluating the perturbed and relaxed representation of the molecular structure by using an energetic cost function and replacing the first representation by the perturbed and relaxed representation if the latter's global energy is more optimal than that of the first representation; and the method further comprises the steps of (c) terminating the optimization process according to step (b) when a predetermined termination criterion is reached; and (d) outputting to a storage medium or to a consecutive method a data structure comprising information extracted from step (b).
(FR) La présente invention concerne un procédé permettant de générer des informations relatives à la structure moléculaire d'une biomolécule. Ce procédé comprend les étapes suivantes: (a) réception d'une représentation en trois dimensions de cette structure moléculaire comprenant un premier ensemble de parties résiduelles et un modèle; (b) modification de cette représentation de l'étape (a) par au moins un cycle d'optimisation. Chaque cycle d'optimisation comprend les étapes suivantes: (b1) perturbation d'une première représentation de cette structure moléculaire par modification d'une ou de plusieurs des premières parties résiduelles; (b2) relaxation de la représentation perturbée par optimisation de la structure d'une ou de plusieurs parties résiduelles non perturbées de ce premier ensemble qui concerne la ou les parties résiduelles perturbées; (b3)évaluation de la représentation perturbée et relaxée de cette structure moléculaire par une fonction de coût energétique, et remplacement de la première représentation par la représentation perturbée et relaxée si l'énergie globale de cette dernière est plus optimale que celle de la première représentation; Et ce procédé comprend aussi ces deux étapes: (c) arrêt du processus d'optimisation de l'étape (b) lorsqu'un critère prédéderminé est obtenu; et (d) sortie vers un support de stockage ou vers un procédé consécutif d'une structure de données comprenant des informations obtenues à l'étape (b).
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)