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1. (WO2001031011) GENE MINING SYSTEM AND METHOD
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.: WO/2001/031011 International Application No.: PCT/US2000/029445
Publication Date: 03.05.2001 International Filing Date: 25.10.2000
Chapter 2 Demand Filed: 25.05.2001
IPC:
A61K 39/00 (2006.01) ,C07K 14/435 (2006.01) ,C07K 14/705 (2006.01) ,G06F 17/50 (2006.01)
A HUMAN NECESSITIES
61
MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
K
PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL, OR TOILET PURPOSES
39
Medicinal preparations containing antigens or antibodies
C CHEMISTRY; METALLURGY
07
ORGANIC CHEMISTRY
K
PEPTIDES
14
Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
435
from animals; from humans
C CHEMISTRY; METALLURGY
07
ORGANIC CHEMISTRY
K
PEPTIDES
14
Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
435
from animals; from humans
705
Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
17
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific functions
50
Computer-aided design
Applicants:
BULLA, Lee, A., Jr. [US/US]; US
CANDAS, Mehmet [US/US]; US
Inventors:
BULLA, Lee, A., Jr.; US
CANDAS, Mehmet; US
Agent:
VAN DYKE, Raymond; Jenkens & Gilchrist, P.C. Suite 3200 1445 Ross Avenue Dallas, TX 75202-2799, US
GOPALAKRISHNAN, Lekha; Jenkens & Gilchrist, P.C. Suite 3200 1445 Ross Avenue Dallas, TX 75202-2799, US
Priority Data:
60/161,52726.10.1999US
Title (EN) GENE MINING SYSTEM AND METHOD
(FR) SYSTEME ET PROCEDE D'EXPLORATION DE GENES
Abstract:
(EN) The present invention provides a system, method and apparatus for targeting gene sequences having one or more phenotypic characteristics using a computer. One or more phenotypic characteristics are selected. A gene sequence is then selected that is known to have the selected phenotypic characteristics. In addition, one or more databases containing cataloged gene sequences are selected. The selected gene sequence is compared to the cataloged gene sequences, and any cataloged gene sequences that contain a portion of the selected gene sequence are extracted. The selected gene sequence is aligned to each portion of the extracted gene sequence and the extracted gene sequences are prioritized based on the alignment of the selected gene sequence. At least one of the prioritized gene sequences is selected based on one or more phenotypic criteria. Finally, one or more degenerate primers are designed to target the selected-prioritized gene sequences.
(FR) La présente invention concerne un système, un procédé et un appareil pour cibler des séquences géniques possédant une ou plusieurs caractéristiques phénotypiques au moyen d'un ordinateur. On sélectionne une ou plusieurs caractéristiques phénotypiques. On sélectionne ensuite une séquence génique dont on sait qu'elle possède les caractéristiques phénotypiques sélectionnées. De plus, on sélectionne une ou plusieurs bases de données contenant les séquences géniques cataloguées. Le gène sélectionné est comparé aux séquences géniques cataloguées, et l'on extrait n'importe quelles séquences géniques cataloguées qui contiennent une partie de la séquence génique sélectionnée. La séquence génique sélectionnée est alignée sur chaque partie de la séquence génique extraite, et les séquences géniques extraites sont classées selon un ordre de priorité en fonction de l'alignement de la séquence génique sélectionnée. Au moins une des séquences géniques sélectionnées classées selon un ordre de priorité est sélectionnée sur la base d'un ou plusieurs critères phénotypiques. Enfin, on indique une ou plusieurs amorces dégénérées pour cibler les séquences géniques sélectionnées classées selon un ordre de priorité.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)