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1. (WO2001030830) GENE SEQUENCES IDENTIFIED BY PROTEIN MOTIF DATABASE SEARCHING
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2001/030830    International Application No.:    PCT/US2000/029787
Publication Date: 03.05.2001 International Filing Date: 26.10.2000
Chapter 2 Demand Filed:    22.05.2001    
IPC:
C07K 14/435 (2006.01), G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: MITOKOR [US/US]; 11494 Sorrento Valley Road, San Diego, CA 92121 (US) (For All Designated States Except US).
MURPHY, Anne, N. [US/US]; (US) (For US Only).
FAHY, Eoin, D. [IE/US]; (US) (For US Only).
WILEY, Sandra, E. [US/US]; (US) (For US Only).
CLEVENGER, William [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: MURPHY, Anne, N.; (US).
FAHY, Eoin, D.; (US).
WILEY, Sandra, E.; (US).
CLEVENGER, William; (US)
Agent: ROSENMAN, Stephen, J.; Seed Intellectual Property Law Group PLLC, Suite 6300, 701 Fifth Avenue, Seattle, WA 98104-7092 (US).
GOWSHALL, Jon, V.; Forrester & Boehmert, Franz-Joseph Str. 38, 80801 Munich (DE)
Priority Data:
09/427,867 26.10.1999 US
09/427,895 26.10.1999 US
09/657,253 07.09.2000 US
Title (EN) GENE SEQUENCES IDENTIFIED BY PROTEIN MOTIF DATABASE SEARCHING
(FR) SEQUENCES GENIQUES IDENTIFIEES PAR RECHERCHE DE MOTIF DE PROTEINES DANS UNE BASE DE DONNEES
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to sequences of specific mitochondrial proteins that bind, transport and/or regulate intracellular calcium ions. The invention identifies these amino acid sequences and nucleotide sequences encoding them in databases of biological sequences for which subcellular localization and function are not described, by providing a computer system and a method of querying the database according to multiple preferred parameters. The invention further discloses production and use of these sequences in recombinant expression constructs, polypeptides, host cells, drug screening assays and related compositions and methods. For identification of such sequences, an automated motif extraction engine is disclosed that receives or creates a motif, such as a hidden Markov model. Using the hidden Markov model, a sequence database such as GenBank is searched, and identifying numbers such as accession numbers are retrieved. Proteins or polypeptide sequences associated with the accession numbers are retrieved and desired sequences filtered therefrom according to desired parameters such as species of origin, or conformity with one or several algorithms (e.g., PSORT, mitochondrial targeting domain, etc.). The resulting filtered data are provided in a tabular format, or as input into a database for later query.
(FR)La présente invention concerne des séquences de protéines mitochondriales spécifiques liant, transportant et/ou régulant les ions calcium intracellulaires. L'invention permet d'identifier ces séquences d'acides aminés et les séquences de nucléotides les codant dans des bases de données de séquences biologiques ne comportant aucune description ni de fonction ni de localisation sub-cellulaire. A cet effet, on a eu recours à un système informatique et à une technique d'interrogation de base de données tenant compte de multiples paramètres préférés. L'invention concerne également la production et l'utilisation de ces séquences dans des constructions d'expressions de recombinaison, des polypeptides, des cellules hôtes, des essais de recherche systématique de médicaments, ainsi que les compositions et procédés s'y rapportant. Pour l'identification de telles séquences, l'invention porte notamment sur un moteur automatisé d'extraction de motifs qui reçoit et crée un motif, tel qu'un modèle de Markov caché. Sur la base de ce modèle de Markov caché, on recherche dans une base de données de séquences telle que la GenBank des numéros d'identification tels que les numéros d'accession, et on les extrait. On extrait également les protéines et séquences de polypeptides associés aux numéros d'accession et on en filtre les séquences souhaitées d'après des paramètres spécifiques tels que l'espèce d'origine, ou la conformité avec un ou plusieurs algorithmes, notamment le PSORT ou le domaine de ciblage mitochondrial. Les données résultant du filtrage sont fournies sous forme de tableaux, ou sous forme d'entrée dans une base de données en vue d'interrogations ultérieures.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)