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1. (WO2000063687) GENE DISCOVERY THROUGH COMPARISONS OF NETWORKS OF STRUCTURAL AND FUNCTIONAL RELATIONSHIPS AMONG KNOWN GENES AND PROTEINS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2000/063687    International Application No.:    PCT/US2000/010302
Publication Date: 26.10.2000 International Filing Date: 14.04.2000
Chapter 2 Demand Filed:    15.11.2000    
IPC:
G06F 19/12 (2011.01), G06F 19/14 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01), G06F 19/18 (2011.01), G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Applicants: THE TRUSTEES OF COLUMBIA UNIVERSITY IN THE CITY OF NEW YORK [US/US]; 116th Street and Broadway, New York, NY 10027 (US)
Inventors: RZHETSKY, Andrey; (US).
KALACHIKOV, Sergey; (US).
KRAUTHAMMER, Michael, O.; (US).
FRIEDMAN, Carol; (US).
KRA, Pauline; (US)
Agent: TANG, Henry; Baker Botts LLP, 30 Rockefeller Plaza, New York, NY 10112-0228 (US)
Priority Data:
60/129,469 15.04.1999 US
09/327,983 08.06.1999 US
Title (EN) GENE DISCOVERY THROUGH COMPARISONS OF NETWORKS OF STRUCTURAL AND FUNCTIONAL RELATIONSHIPS AMONG KNOWN GENES AND PROTEINS
(FR) DECOUVERTE DE GENES PAR COMPARAISON DE RESEAUX DE RELATIONS STRUCTURELLES ET FONCTIONNELLES ENTRE PROTEINES ET GENES CONNUS
Abstract: front page image
(EN)The present invention relates to methods for identifying novel genes comprising: (i) generating one or more specialized databases containing information on gene/protein structure, function and/or regulatory interactions; and (ii) searching the specialized databases for homology or for a particular motif and thereby identifying a putative novel gene of interest. The invention may further comprise performing simulation and hypothesis testing to identify or confirm that the putative gene is a novel gene of interest. The present invention also relates to natural language processing and extraction of relational information associated with genes and proteins that are found in genomics journal articles. To enable access to information in textual form, the natural language processing system of the present invention provides a method for extracting and structuring information found in the literature in a form appropriate for subsequent applications.
(FR)Cette invention a trait à des méthodes permettant d'identifier de nouveaux gènes, lesquelles méthodes consistent (i), à créer une ou plusieurs bases de données spécialisées contenant des informations sur une structure de gène/protéine ainsi que sur des interactions de fonction et/ou de régulation et, (ii), à rechercher dans ces bases de données spécialisées l'existence d'une homologie ou d'un motif particulier, ce qui permet d'identifier un nouveau gène présumé à étudier. Il est également possible de mener, dans le cadre de cette méthode, un essai de simulation ou d'hypothèses permettant d'identifier ce gène présumé comme nouveau gène à étudier ou de confirmer un tel statut. Cette invention porte, de surcroît, sur un traitement du langage naturel ainsi que sur l'extraction d'informations relationnelles associées à des protéines et des gènes dont font état des articles de revues relatifs au génome. Afin de donner accès à une information sous forme textuelle, le système de traitement du langage naturel de l'invention met en oeuvre une technique d'extraction et de structuration d'informations trouvées dans une documentation et ce, sous une forme se prêtant à des utilisations ultérieures.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)