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1. (WO2000063439) SHOT-GUN SEQUENCING AND AMPLIFICATION WITHOUT CLONING
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2000/063439    International Application No.:    PCT/US2000/010745
Publication Date: 26.10.2000 International Filing Date: 20.04.2000
Chapter 2 Demand Filed:    20.11.2000    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: GENOME TECHNOLOGIES, LLC [US/US]; 505 South Rosa Road, Madison, WI 53719 (US)
Inventors: SENAPATHY, Periannan; (US)
Agent: LEONE, Joseph, T.; DeWitt Ross & Stevens S.C., 8000 Excelsior Drive, Madison, WI 53717-1914 (US)
Priority Data:
60/130,358 21.04.1999 US
09/434,761 04.11.1999 US
Title (EN) SHOT-GUN SEQUENCING AND AMPLIFICATION WITHOUT CLONING
(FR) SEQUENÇAGE EN EVENTAIL ET AMPLIFICATION SANS CLONAGE
Abstract: front page image
(EN)Disclosed is a method for sequencing and amplifying nucleic acid templates wherein a degenerate primer with a fixed sequence region and a random sequence region is utilized. By determining the statistical expectancy of the fixed sequence in the nucleic acid template, this determines the average length of a nucleic acid template that can be sequenced. During the annealing of such a primer with the nucleic acid template, the fixed sequence determines where the complete primer binds by binding to its complementary sequence on the nucleic acid template. The random sequence regions of the primers make it possible for the presence of a unique sequence adjacent to the fixed sequence to be present, thus providing a primer with full complementarity with the nucleic acid template. Thus, this procedure is able to provide a full-length primer with a fully complementary sequence capable of binding statistically once within an expected length of the nucleic acid template, even though the seance of the template is unknown. The method can also be adopted for use in PCR amplification of a nucleic acid template.
(FR)La présente invention a trait à un procédé de séquençage et d'amplification de matrices d'acides nucléiques dans laquelle on met en oeuvre une amorce dégénérée ayant une région de séquence fixe et une région de séquence aléatoire. La détermination de la prédiction statistique de la séquence fixe dans la matrice d'acides nucléiques permet de déterminer la longueur moyenne de la matrice d'acides nucléiques capable d'être séquencée. Au cours de la renaturation de ladite amorce avec la matrice d'acides nucléiques, la séquence fixe détermine où l'amorce complète se fixe par liaison à sa séquence complémentaire sur la matrice d'acides nucléiques. La séquence aléatoire des amorces rend possible la présence d'une séquence unique adjacente à la séquence fixe, procurant ainsi une amorce à entière complémentarité avec la matrice d'acides nucléiques. Ainsi, le procédé permet d'obtenir une amorce complète ayant une séquence complémentaire apte a se fixer statistiquement une fois à l'intérieur d'une longueur prévue de la matrice d'acides nucléiques, même si la matrice n'est pas connue. Le procédé est également utilisable pour une amplification par la polymérase d'une matrice d'acides nucléiques.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)