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1. (WO2000061800) METHOD FOR THE ANALYSIS OF AFLP$m(3) REACTION MIXTURES USING PRIMER EXTENSION TECHNIQUES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2000/061800    International Application No.:    PCT/NL2000/000234
Publication Date: 19.10.2000 International Filing Date: 10.04.2000
Chapter 2 Demand Filed:    08.11.2000    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: KEYGENE N.V. [NL/NL]; P.O. Box 216, NL-6700 AE Wageningen (NL) (For All Designated States Except US).
VAN EIJK, Michiel, Josephus, Theresia [NL/NL]; (NL) (For US Only).
WITSENBOER, Hanneke [NL/NL]; (NL) (For US Only)
Inventors: VAN EIJK, Michiel, Josephus, Theresia; (NL).
WITSENBOER, Hanneke; (NL)
Agent: JORRITSMA, Ruurd; Nederlandsch Octrooibureau, Scheveningseweg 82, P.O. Box 29720, NL-2502 LS The Hague (NL)
Priority Data:
99201112.2 09.04.1999 EP
Title (EN) METHOD FOR THE ANALYSIS OF AFLP$m(3) REACTION MIXTURES USING PRIMER EXTENSION TECHNIQUES
(FR) PROCEDE D'ANALYSE DE MELANGES REACTIONNELS D'AFLP$m(3) A L'AIDE DE TECHNIQUES D'EXTENSION D'AMORCE
Abstract: front page image
(EN)The present invention relates to a method for determining the presence or absence of a target restriction fragment in a mixture of restriction fragments, said method comprising the steps of: a) contacting the mixture of restriction fragments with the oligonucleotide sequence under hybridizing conditions, such that resulting hybrid has at least one unpaired nucleotide of the target restriction fragment directly adjacent to the 3 end of the oligonucleotide sequence; b) adding at least one labeled nucleotide or nucleotide analog to the mixture of resulting from step a), under conditions suitable for extension of an oligonucleotide; such that the nucleotide sequence is extended with the labeled nucleotide or nucleotide analog; c) detecting the presence or absence of any hybrid with an added labeled nucleotide or nucleotide analog. The oligonucleotide sequences used in step b) are preferably immobilized on a solid support, preferably in the form of an array. The mixture of restriction fragments used preferably is or has been amplified using AFLP.
(FR)Cette invention a trait à un procédé permettant de déterminer la présence ou l'absence d'un fragment de restriction cible dans un mélange de fragments de restriction, lequel procédé consiste, (a), à mettre le mélange de fragments de restriction en contact avec une séquence oligonucléotidique, dans des conditions d'hybridation, de sorte que l'hybride résultant possède au moins un nucléotide non apparié du fragment de restriction directement adjacent à l'extrémité 3' de la séquence oligonucléotidique, (b), à ajouter au moins un nucléotide ou un analogue de nucléotide marqué au mélange obtenu lors de l'opération (a) et ce, dans des conditions se prêtant à l'extension d'un nucléotide, de sorte que la séquence nucléotidique se trouve allongée par le nucléotide ou l'analogue de nucléotide marqué et, (c), à détecter la présence ou l'absence de tout hybride doté d'un nucléotide ou d'un analogue de nucléotide marqué. Les séquences nucléotidiques utilisées lors de l'opération (b) sont, de préférence, immobilisées sur un support solide, de préférence un réseau. Le mélange de fragments de restriction utilisé est ou a été, de préférence, amplifiée à l'aide d'APLF$m(3).
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)