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1. (WO2000060126) QUANTITATIVE ASSAY FOR EXPRESSION OF GENES IN MICROARRAY
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2000/060126    International Application No.:    PCT/US2000/009526
Publication Date: 12.10.2000 International Filing Date: 10.04.2000
Chapter 2 Demand Filed:    06.11.2000    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: SIR MORTIMER B. DAVIS JEWISH GENERAL HOSPITAL [CA/CA]; 3755 Chemin de la Cote Ste-Catherine Road, Montreal, Quebec H3T 1E2 (CA).
WANG, Eugenia [CA/US]; (US)
Inventors: WANG, Eugenia; (US)
Agent: PABST, Patrea, L.; Arnall Golden & Gregory, LLP, 2800 One Atlantic Center, 1201 West Peachtree Street, Atlanta, GA 30309-3450 (US)
Priority Data:
2,268,695 08.04.1999 CA
60/129,233 14.04.1999 US
09/299,193 23.04.1999 US
Title (EN) QUANTITATIVE ASSAY FOR EXPRESSION OF GENES IN MICROARRAY
(FR) BIOANALYSE QUANTITATIVE D'EXPRESSION DE GENES DANS DES MICROECHANTILLONS
Abstract: front page image
(EN)A method has been developed for detection of gene expression or hybridization in microarrays, for example, in combinatorial libraries where quantities are very small and spots located very closely, resulting in uncomfortable situations where intense reaction can spill over into the adjacent spots, and therefore obscure the accuracy of the reaction of the neighboring sites. The assay uses a digoxigenin enzyme assay for detection. A method for enhancing the reliability of analysis of expression of DNA in microarray formats has also been developed, using software analysis that normalizes the spots. This process uses deformable template techniques to quantify large-scale array data automatically, despite possible spatial distortion of the arrays. Each node in the deformable template represents a gene spot, and iterates according to the gradient descent rule, which minimizes an energy function combining data mismatch energy and template deformation energy.
(FR)L'invention concerne une méthode mise au point pour la détection d'expression ou d'hybridation de gènes dans des microéchantillons, par exemple dans des bibliothèques combinatoires dans lesquelles les quantités sont minimes et les emplacements très rapprochés, pouvant provoquer des situations indésirables dans lesquelles une réaction intense peut déborder sur les emplacements adjacents et, par conséquent, fausser l'exactitude de la réaction des sites voisins. On utilise dans cette bioanalyse un test d'activité enzymatique de digoxigénine pour la détection. L'invention concerne également une méthode mise au point dans le but d'améliorer la fiabilité de l'analyse de l'expression d'ADN dans des microéchantillons, par analyse informatique destinée à normaliser les emplacements. Ce procédé fait appel à des techniques basées sur des modèles adaptables permettant de quantifier automatiquement des données d'échantillons à grande échelle, en dépit d'une possible distorsion spatiale des échantillons. Chaque noeud du modèle adaptable représente l'emplacement d'un gène, et se répète selon la règle de descente de gradient, minimisant une fonction énergie combinant l'énergie de désadaptation des données et l'énergie d'adaptation du modèle.
Designated States: AE, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)