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1. (WO2000060124) FIXED ADDRESS ANALYSIS OF SEQUENCE TAGS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2000/060124    International Application No.:    PCT/US2000/009284
Publication Date: 12.10.2000 International Filing Date: 06.04.2000
Chapter 2 Demand Filed:    06.11.2000    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: YALE UNIVERSITY [US/US]; 451 College Street, New Haven, CT 06511 (US)
Inventors: LIZARDI, Paul, M.; (US).
ROTH, Matthew, E.; (US).
FENG, Li; (US).
GUERRA, Cesar, E.; (US).
WEBER, Shane, C.; (US).
KAUFMAN, Joseph, C.; (US).
LATIMER, Darin, R.; (US)
Agent: HODGES, Robert, A.; Needle & Rosenberg, P.C., 127 Peachtree Street, N.E., Suite 1200, The Candler Bldg, Atlanta, GA 30303-1811 (US)
Priority Data:
60/127,932 06.04.1999 US
Title (EN) FIXED ADDRESS ANALYSIS OF SEQUENCE TAGS
(FR) ANALYSE D'ADRESSES FIXES DE SÉQUENCES ÉTIQUETÉES
Abstract: front page image
(EN)Disclosed is a method for the comprehensive analysis of nucleic acid samples and a detector composition for use in the method. The method, referred to as Fixed Address Analysis of Sequence Tags (FAAST), involves generation of a set of nucleic acid fragments having a variety of sticky end sequences; indexing of the fragments into sets based on the sequence of sticky ends; associating a detector sequence with the fragments; sequence-based capture of the indexed fragments on a detector array; and detection of the fragment labels. Generation of the multiple sticky end sequences is accomplished by incubating the nucleic acid sample with one or more nucleic acid cleaving reagents. The indexed fragments are captured by hybridization and coupling, preferably by ligation, to a probe. The method allows a complex sample of nucleic acid to be quickly and easily cataloged in a reproducible and sequence-specific manner. One form of the method allows determination of associations, in a nucleic acid molecule, of different combinations of known or potential sequences. Another form of the method assesses modification of sequences in nucleic acid molecules by basing cleavage of the molecules on the presence or absence of modification.
(FR)L'invention concerne une méthode pour l'analyse approfondie d'échantillons d'acide nucléique et une composition de détection destinée à être utilisée dans cette méthode. Cette dernière, désignée sous le nom d'analyse d'adresses fixes de séquences étiquetées (en anglais, FAAST), consiste à générer un jeu de fragments d'acide nucléique présentant une variété de séquences terminales collantes; à indexer ces fragments sous forme de jeux, sur la base de la séquence d'extrémités collantes; à associer la séquence de détection avec les fragments; à piéger les séquences des fragments indexés sur un réseau de détection; et à détecter les étiquettes de fragments. Pour générer ces multiples séquences terminales collantes, on incube l'échantillon d'acide nucléique avec un ou plusieurs réactifs de clivage d'acide nucléique. Les fragments indexés sont piégés par hybridation et par couplage à une sonde, de préférence par ligature. Cette méthode permet de cataloguer rapidement et facilement un échantillon complexe d'acide nucléique, d'une manière reproductible et spécifique d'une séquence. Un mode de réalisation de cette méthode permet de déterminer les associations, dans une molécule d'acide nucléique, des différentes combinaisons de séquences connues ou potentielles. Un autre mode de réalisation de cette méthode évalue la modification des séquences dans les molécules d'acide nucléique en basant le clivage des molécules sur la présence ou l'absence de modification.
Designated States: AE, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)