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Pub. No.:    WO/2000/058330    International Application No.:    PCT/US2000/008826
Publication Date: 05.10.2000 International Filing Date: 31.03.2000
C12N 15/11 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: HYBRIDON, INC. [US/US]; 155 Fortune Boulevard, Milford, MA 01757 (US) (For All Designated States Except US).
AGRAWAL, Sudhir [IN/US]; (US) (For US Only).
KANDIMALLA, Ekambar, R. [IN/US]; (US) (For US Only)
Inventors: AGRAWAL, Sudhir; (US).
KANDIMALLA, Ekambar, R.; (US)
Agent: KEOWN, Wayne, A.; Hale and Dorr L.L.P., 60 State Street, Boston, MA 02109 (US)
Priority Data:
60/127,138 31.03.1999 US
60/174,642 05.01.2000 US
Abstract: front page image
(EN)The present invention comprises a new class of oligonucleobases (e.g., oligonucleotides), which we call 'pseudo-cyclic oligonucleotides' (PCOs). PCOs contain two oligonucleotide segments attached through their 3'-3' or 5'-5' ends. One of the segments (the 'functional segment') of the PCO has some functionality (e.g., an antisense oligonucleotide complementary to a target mRNA). Another segment (the 'protective segment') is complementary to the 3'- or 5'- terminal end of the functional segment (depending on the end through which it is attached to the functional segment). As a result of complementarity between the functional and protective segment segments, PCOs form intramolecular pseudo-cyclic structures in the absence of the target nucleic acids (e.g., RNA). PCOs are more stable than conventional antisense oligonucleotides because of the presence of 3'-3' or 5'-5' linkages and the formation of intramolecular pseudo-cyclic structures. Pharmacokinetic, tissue distribution, and stability studies in mice suggest that PCOs have higher $i(in vivo) stability than and, pharmacokinetic and tissue distribution profiles similar to, those of PS-oligonucleotides in general, but rapid elimination from selected tissues. When a fluorophore and quencher molecules are appropriately linked to the PCOs of the present invention, the molecule will fluoresce when it is in the linear configuration, but the fluorescence is quenched in the cyclic conformation. Such oligos are useful for diagnostic purposes.
(FR)L'invention concerne une nouvelle classe d'oligonucléobases (notamment des oligonucléotides), appelées ici 'oligonucléotides pseudo-cycliques' (PCO). Ces PCO contiennent deux segments oligonucléotides fixés par leurs extrémités 3'-3' ou 5'-5'. Un des segments des PCO ('le segment fonctionnel') présente une certaine fonctionnalité (notamment un oligonucléotide antisens complémentaire d'une cible ARN messager). Un autre segment ('le segment protecteur') est complémentaire d'une de la terminaison 3' ou 5' du segment fonctionnel (en fonction de l'extrémité par laquelle il est fixé au segment fonctionnel). En conséquence de la complémentarité entre le segment fonctionnel et protecteur, les PCO forment des structures pseudo-cycliques intramoléculaires en l'absence des acides nucléiques cibles (notamment l'ARN). Les PCO sont plus stables que les oligonucléotides antisens conventionnels en raison de la présence de liaisons 3'-3' or 5'-5' et de la formation structures pseudo-cycliques intramoléculaires. La pharmacocinétique, la distribution tissulaire et des études sur la stabilité menées sur des souris suggèrent que les PCO présentent une stabilité in vivo plus élevée que celle des PS-oligonucléotides en général et qu'ils présentent des profils pharmacocinétiques et de distribution tissulaire similaires à ceux des PS-oligonucléotides, tout en étant rapidement éliminés des tissus choisis. Lorsqu'un fluorophore et des molécules d'extinction sont convenablement liés au PCO selon l'invention, la molécule devient fluorescente lorsqu'elle se trouve en configuration linéaire, mais sa fluorescence est éteinte lorsqu'elle se trouve en configuration cyclique. Ces oligonucléobases conviennent à des fins diagnostiques.
Designated States: AE, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)