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1. WO2000014274 - METHOD FOR THE IDENTIFICATION AND SPECIATION OF BACTERIA OF THE $i(BURKHOLDERIA CEPACIA) COMPLEX

Publication Number WO/2000/014274
Publication Date 16.03.2000
International Application No. PCT/CA1999/000813
International Filing Date 03.09.1999
Chapter 2 Demand Filed 07.02.2000
IPC
C12Q 1/68 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
CPC
A61P 31/04
AHUMAN NECESSITIES
61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
31Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
04Antibacterial agents
C12Q 1/689
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6888for detection or identification of organisms
689for bacteria
Applicants
  • THE UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA [CA]/[CA] (AllExceptUS)
  • MAHENTHIRALINGAM, Eshwar [CA]/[GB] (UsOnly)
Inventors
  • MAHENTHIRALINGAM, Eshwar
Agents
  • ROBINSON, J., Christopher
Priority Data
60/099,11503.09.1998US
60/099,11603.09.1998US
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHOD FOR THE IDENTIFICATION AND SPECIATION OF BACTERIA OF THE $i(BURKHOLDERIA CEPACIA) COMPLEX
(FR) PROCEDE D'IDENTIFICATION ET DE SPECIATION DE BACTERIES DU COMPLEXE $i(BURKHOLDERIA CEPACIA)
Abstract
(EN)
Identification and speciation of bacteria of the $i(Burkholderia cepacia) complex in a sample can be accomplished by: a) obtaining nucleotide sequence information for the $i(recA) gene in bacteria of the $i(Burkholderia cepacia) complex found in the sample; and b) comparing the nucleotide sequence information obtained for the $i(recA) gene in bacteria of the $i(Burkholderia cepacia) complex found in the sample with a standard library of nucleotide sequence information comprising standard nucleotide sequence information for at least three species of bacteria of the $i(Burkholderia cepacia) complex. Preferably, the nucleotide sequence information is obtained by evaluation of restriction fragment length polymorphism (RFLP). Other techniques for obtaining sequence information can also be used, including base-by-base determination of the sequence of the region of interest, sequence-specific oligonucleotide hybridization probes, and ligation techniques. Universal primers which can be used for amplification of all known members of the $i(Burkholderia cepacia) complex, and genomovar-specific primers which can be used for selective amplification of the $i(recA) gene from bacteria of one genomovar provide alternative analytical modalities. Speciation of bacteria of the $i(Burkholderia cepacia) complex can be used as a basis for administration of a vaccine specific to the flagellin of the bacteria, since it is shown that this flagellin is conserved across members of genomovar III, subgroup RG-B.
(FR)
On identifie, dans un échantillon, des bactéries du complexe $i(Burkholderia cepacia) et on procède à leur spéciation, (a), en se procurant une information de séquence nucléotidique relative au gène rec$i(A) au moyen des bactéries appartenant au complexe $i(Burkholderia cepacia) et présentes dans l'échantillon et (b), en comparant cette information de séquence nucléotidique à une bibliothèque d'informations de séquences nucléotidiques renfermant une information de séquence nucléotidique classique relativement à trois espèces au moins de bactéries du complexe $i(Burkholderia cepacia). On se procure, de préférence, l'information de séquence nucléotidique par évaluation du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction (RFLP). Il est également possible de faire appel à d'autres techniques pour obtenir cette information, notamment à la détermination base par base de la séquence de la région à étudier, ou d'employer des sondes d'hybridation oligonucléotidiques et des techniques de ligation. L'utilisation éventuelle d'amorces universelles aux fins de l'amplification de tous les éléments connus du complexe $i(Burkholderia cepacia) ainsi que celle d'amorces spécifiques d'un génomovar pour l'amplification sélective du gène rec$i(A) provenant de bactéries d'un génomovar, fournissent d'autres modalités analytiques. On peut se servir de la spéciation du complexe $i(Burkholderia cepacia) comme base aux fins d'une administration d'un vaccin spécifique de la flagelline des bactéries, dans la mesure où il est démontré que cette flagelline est conservée par les membres du génomovar III, sous-groupe RG-B.
Also published as
GBGB0104647.3
US09763298
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