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1. (WO1999043853) METHODS AND APPARATUS FOR DETERMINATION OF LENGTH POLYMORPHISMS IN DNA
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Pub. No.: WO/1999/043853 International Application No.: PCT/US1999/003175
Publication Date: 02.09.1999 International Filing Date: 12.02.1999
Chapter 2 Demand Filed: 14.09.1999
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
Applicants:
NANOGEN, INC. [US/US]; 10398 Pacific Center Court San Diego, CA 92121, US
Inventors:
SOSNOWSKI, Ronald, G.; US
TU, Eugene; US
Agent:
MURPHY, David, B.; LYON & LYON LLP Suite 4700 633 West Fifth Street Los Angeles, CA 90071-2066, US
Priority Data:
09/030,15625.02.1998US
Title (EN) METHODS AND APPARATUS FOR DETERMINATION OF LENGTH POLYMORPHISMS IN DNA
(FR) PROCEDES ET APPAREILS SERVANT A DETERMINER LA LONGUEUR DES POLYMORPHISMES DANS L'ADN
Abstract:
(EN) Methods and apparatus are provided for the analysis and determination of the nature of repeat units in a genetic target. In one method of this invention, the nature of the repeat units in the genetic target is determined by the steps of providing a plurality of hybridization complex assays arrayed on a plurality of test sites, where the hybridization complex assay includes at least a nucleic acid target containing a simple repetitive DNA sequence, a capture probe having a first unique flanking sequence and n repeat units, where n = 0, 1, 2..., or fractions thereof, being complementary to the target sequence, and a reporter probe having a selected sequence complementary to the same target sequence strand wherein the selected sequence of the reporter includes a second unique flanking sequence and m repeat units, where m = 0, 1, 2..., or fractions thereof, but where the sum of repeat units in the capture probe plus reporter probe is greater than 0 (n+m$m(g)0). In accordance with this method, the sequence of the capture probe differs at least two test sites. The hybridization complex assays are then monitored to determine concordance and discordance among the hybridization complex assays at the test sites as determined at least in part by hybridization stability. Ultimately, the nature of the repeat units in the target sequence may be determined based upon the concordant/discordant determination coupled with knowledge of the probes located in the hybridization complex at that site. In one aspect of this invention, electronic stringency control may be utilized either during the initial hybridization phase, such as to aid in the proper indexing of hybridized materials, or during the concordance/discordance phase, or both. In yet another aspect of this invention, a system includes a plurality of sites wherein each site includes at least a probe having a first unique flanking sequence, a second unique flanking sequence and an intervening repeat unit series having a variable number of repeat units. The existence of loop-outs, or conditions of exact concordance, may be determined. Applications include paternity testing, forensic use, and disease diagnostics, such as for the identification of the existence of a clonal tumor.
(FR) L'invention porte sur des procédés et appareils d'analyse et de détermination de la nature des unités de répétition de cibles génétiques. Selon l'un de ces procédés, la nature des unités de répétition d'une cible génétique se détermine en réalisant plusieurs essais de complexes d'hybridation disposés en réseaux sur plusieurs sites d'essai. Un essai de complexe d'hybridation comporte au moins une cible d'acide nucléique contenant une séquence simple répétitive d'ADN, une sonde de capture comportant une première région flanquante unique et n unités de répétition, n étant 0, 1, 2..., ou ses fractions, complémentaire de la séquence cible, et une sonde reporter comportant une séquence sélectionnée complémentaire du même brin de séquence cible, ladite séquence sélectionnée du reporter comprenant une deuxième séquence flanquante unique, et m unités de répétition, m étant 0, 1, 2..., ou ses fractions, mais où la somme des unités de répétition de la sonde de capture et de la sonde reporter est supérieure à zéro (n + m > 0). Selon ce procédé la séquence de la sonde de capture diffère au moins en deux sites d'essai. On suit alors les essais sur les complexes d'hybridation pour déterminer leur concordance ou discordance au niveau des sites d'essai, détermination obtenue au moins partiellement par la stabilité de l'hybridation. On peut enfin déterminer la nature des unités de répétition de la séquence cible sur la base de la détermination de concordance/discordance associée à la connaissance des sondes situées dans le complexe d'hybridation de ce site. L'une des variantes de l'invention, recourt à une commande de stringence électronique, soit pendant la phase initiale d'hybridation, comme aide à l'indexation correcte des matériaux hybridés, soit pendant la phase de concordance/discordance, soit pendant les deux. Dans une autre variante de l'invention on utilise un système comportant plusieurs sites incluant chacun au moins une sonde présentant une première séquence flanquante unique, une deuxième séquence flanquante unique et des ensembles d'unités de répétition intervenantes en nombre variable par ensemble. On peut ainsi déterminer l'existence de sorties de boucle ou de conditions de concordance exacte. Les applications possibles comprennent: les tests de paternité, les utilisations judiciaires, et le diagnostic de maladies tel que l'identification de tumeurs clonales.
Designated States: AU, BR, CA, CN, JP, KR, NZ
European Patent Office (EPO) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)