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1. (WO1999029901) BROAD RANGE PCR AMPLIFICATION TECHNIQUES
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Pub. No.: WO/1999/029901 International Application No.: PCT/US1998/025665
Publication Date: 17.06.1999 International Filing Date: 03.12.1998
Chapter 2 Demand Filed: 01.07.1999
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
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involving nucleic acids
Applicants:
AUSUBEL, Frederick, M. [US/US]; US (UsOnly)
MINDRINOS, Michael [GR/US]; US (UsOnly)
DRENKARD, Eliana [AR/US]; US (UsOnly)
THE GENERAL HOSPITAL CORPORATION [US/US]; 55 Fruit Street Boston, MA 02110-2214, US (AllExceptUS)
Inventors:
AUSUBEL, Frederick, M.; US
MINDRINOS, Michael; US
DRENKARD, Eliana; US
Agent:
ELBING, Karen, L.; Clark & Elbing, LLP 176 Federal Street Boston, MA 02110-2214, US
Priority Data:
60/069,23011.12.1997US
Title (EN) BROAD RANGE PCR AMPLIFICATION TECHNIQUES
(FR) TECHNIQUES D'AMPLIFICATION EN CHAINE PAR POLYMERASE A GRANDE ECHELLE
Abstract:
(EN) Disclosed herein are methods and kits for determining whether a nucleic acid sequence includes a particular allele of a polymorphic sequence. One such method includes the steps of: (a) contacting a nucleic acid sequence, in the same or a separate reaction, with a first pair of PCR primers and a second pair of PCR primers under conditions that allow hybridization of the PCR primers to the nucleic acid sequence, the first pair of PCR primers hybridizing to opposite strands of the nucleic acid sequence and bordering the position of the polymorphic sequence, and the second pair of PCR primers hybridizing to opposite strands of the nucleic acid sequence and bordering the position of the polymorphic sequence, the PCR primers being characterized as follows: (i) one of the first pair of PCR primers (a) being complementary at its 3'-terminal nucleotide to a first allele of the polymorphic sequence (allele A), (b) being non-complementary at its 3'-terminal nucleotide to a second allele of the polymorphic sequence (allele B), and (c) being non-complementary to the nucleic acid sequence at a single non-complementary nucleotide in its 3'-terminal nucleotides 2-6; and (ii) one of the second pair of PCR primers (a) being complementary at its 3'-terminal nucleotide to the first allele of the polymorphic sequence (allele A), (b) being non-complementary at its 3'-terminal nucleotide to the second allele of the polymorphic sequence (allele B), and (c) being non-complementary to the nucleic acid sequence at one (and, preferably, two) or more nucleotides in its 3'-terminal nucleotides 2-6; (b) carrying out the amplification reactions; and (c) detecting an amplification product as an indication of the presence, in the nucleic acid sequence, of the first allele of the polymorphic sequence (allele A). In a preferred embodiment, this method is used to identify single nucleotide polymorphisms, for example, for genomic mapping purposes.
(FR) L'invention concerne des procédés et des trousses servant à déterminer si une séquence d'acides nucléiques comprend un allèle particulier d'une séquence polymorphe. Un de ces procédés consiste à: (a) mettre en contact une séquence d'acides nucléiques, dans la même réaction ou dans une réaction séparée, avec une première paire d'amorces d'amplification en chaîne par polymérase (PCR) et une deuxième paire d'amorces PCR dans des conditions permettant l'hybridation des amorces PCR à la séquence d'acides nucléiques, la première paire d'amorces PCR s'hybridant à des brins opposés de la séquence d'acides nucléiques et étant proche de la position de la séquence polymorphe et la deuxième paire d'amorces PCR s'hybridant à des brins opposés de la séquence d'acides nucléiques et étant proche de la position de la séquence polymorphe, ces amorces PCR étant caractérisées par le fait (i) qu'une de la première paire d'amorces PCR (a) est complémentaire au niveau de son nucléotide terminal 3' d'un premier allèle de la séquence polymorphe (allèle A), (b) est non complémentaire au niveau de son nucléotide terminal 3' d'un deuxième allèle de la séquence polymorphe (allèle B) et (c) est non complémentaire de la séquence d'acides nucléiques au niveau d'un seul nucléotide non complémentaire de ses nucléotides terminaux 3'; (ii) et qu'une de la deuxième paire des amorces PCR (a) est complémentaire au niveau de son nucléotide terminal 3' du premier alllèle de la séquence polymorphe (allèle A), (b) est non complémentaire au niveau de son nucléotide terminal 3' du deuxième allèle de la séquence polymorphe (allèle B) et (c) est non complémentaire de la séquence d'acides nucléiques au niveau d'un (de préférence, de deux) ou de plusieurs nucléotides de ses nucléotides terminaux 3'; (b) exécuter les réactions d'amplification et (c) détecter un produit d'amplification indiquant la présence, dans la séquence d'acides nucléiques, du premier allèle de la séquence polymorphe (allèle A). Dans un mode de réalisation préféré, on met en application ce procédé afin d'identifier des polymorphismes de nucléotides uniques, par exemple, à des fins de cartographie génomique.
Designated States: CA, JP, US
European Patent Office (EPO) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)