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1. WO1998015652 - NUCLEIC ACID SEQUENCING BY ADAPTATOR LIGATION

Publication Number WO/1998/015652
Publication Date 16.04.1998
International Application No. PCT/GB1997/002734
International Filing Date 06.10.1997
Chapter 2 Demand Filed 01.05.1998
IPC
C12Q 1/68 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
CPC
C12Q 1/6872
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
6872involving mass spectrometry
Applicants
  • BRAX GENOMICS LIMITED [GB]/[GB] (AllExceptUS)
  • SCHMIDT, Gunter [DE]/[GB] (UsOnly)
  • THOMPSON, Andrew, Hugin [GB]/[GB] (UsOnly)
Inventors
  • SCHMIDT, Gunter
  • THOMPSON, Andrew, Hugin
Agents
  • DANIELS, Jeffrey, Nicholas
Priority Data
9620769.104.10.1996GB
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) NUCLEIC ACID SEQUENCING BY ADAPTATOR LIGATION
(FR) SEQUENÇAGE D'ACIDE NUCLEIQUE PAR LIGATURE D'ADAPTEURS
Abstract
(EN)
A method for sequencing nucleic acid, which comprises: (a) obtaining a target nucleic acid population comprising nucleic acid fragments in which each fragment is present in a unique amount and bears at one end a sticky end sequence of predetermined length and unknown sequence, (b) protecting the other end of each fragment, and (c) sequencing each of the fragments by (i) contacting the fragments with an array of adaptor oligonucleotides under hybridisation conditions, each adaptor oligonucleotide bearing a label, a sequencing enzyme recognition site, and a known unique base sequence of same predetermined length as the sticky end sequence, the array containing all possible base sequences of that predetermined length; removing any unhybridised adaptor oligonucleotide and recording the quantity of any hybridised adaptor oligonucleotide by detection of the label, then repeating the cycle, until all of the adaptors in the array have been tested; (ii) contacting the hybridised adaptor oligonucleotides with a sequencing enzyme which binds to the recognition site and cuts the fragment to expose a new sticky end sequence which is contiguous with or overlaps the previous sticky end sequence; (iii) repeating steps (i) and (ii) for a sufficient number of times and determining the sequence of the fragment by comparing the quantities recorded for each sticky end sequence.
(FR)
Procédé pour séquencer de l'acide nucléique, consistant à: (a) obtenir une population cible d'acide nucléique composée de fragments d'acide nucléique et dans laquelle chaque fragment est présent en nombre unique et présente à un bout une séquence d'extrémité cohésive de longueur prédéterminée et de séquence inconnue, (b) protéger l'autre extrémité de chaque fragment, et (c) séquencer chacun des fragments (i) en mettant les fragments en contact avec un ensemble d'oligonucléotides adaptateurs dans des conditions d'hybridation, chaque oligonucléotide adaptateur portant un marqueur, un site de reconnaissance de l'enzyme de séquençage, et une séquence nucléotidique unique connue qui a la même longueur prédéterminée que la séquence d'extrémité cohésive, l'ensemble contenant toutes les séquences de base de cette longueur prédéterminée; en retirant tout oligonucléotide adaptateur non hybridé et en relevant la quantité de tout oligonucléotide adaptateur hybridé par détection du marqueur, puis en répétant toute la procédure, jusqu'à ce que tous les adaptateurs de l'ensemble aient été testés; (ii) en mettant en contact tous les oligonucléotides adaptateurs hybridés avec une enzyme de séquençage qui se lie au site de reconnaissance et coupe le fragment de manière à exposer une nouvelle séquence d'extrémité cohésive, contiguë ou partiellement superposée à la séquence d'extrémité cohésive précédente; (iii) en répétant les étapes (i) et (ii) un nombre suffisant de fois et en déterminant la séquence du fragment en comparant les quantités relevées pour chaque séquence d'extrémité cohésive.
Also published as
Latest bibliographic data on file with the International Bureau