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1. (WO1997016567) DOUBLE-STRANDED CONFORMATIONAL POLYMORPHISM ANALYSIS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau

Pub. No.: WO/1997/016567 International Application No.: PCT/US1996/017403
Publication Date: 09.05.1997 International Filing Date: 01.11.1996
Chapter 2 Demand Filed: 02.06.1997
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
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involving nucleic acids
Applicants:
NAXCOR [US/US]; Suite 220 4600 Bohannon Drive Menlo Park, CA 94025, US
Inventors:
WOOD, Michael; US
VAN ATTA, Reuel; US
ALBAGLI, David; US
Agent:
TRECARTIN, Richard, F. ; Flehr, Hohbach, Test, Albritton & Herbert Suite 3400 4 Embarcadero Center San Francisco, CA 94111-4187, US
Priority Data:
60/007,23903.11.1995US
Title (EN) DOUBLE-STRANDED CONFORMATIONAL POLYMORPHISM ANALYSIS
(FR) ANALYSE DES CONFORMATIONS POLYMORPHIQUES A DOUBLE BRIN
Abstract:
(EN) Double-stranded conformational polymorphism analysis is performed by combining a probe comprising a cross-linking agent and optionally a label with a sample having a target sequence, which may be complementary or have one or a few mismatches with respect to the probe sequence. After sufficient time for hybridization under mild or lesser stringency conditions, hybridized pairs are irradiated to induce cross-link formation by the cross-linking agent. The sample is then analyzed by denaturing gel electrophoresis where the rate of migration depends upon the degree of complementarity between the probe and the target. For corroboration, in a second experiment, the probe may be combined with the sample under high stringency conditions, where it is found that the formation of cross-linked probe/target is substantially lower for pairs having mismatches than for fully matched pairs. After cross-linking, the sample may be separated by gel electrophoresis, and the amount of cross-linked nucleic acid determined.
(FR) L'analyse des conformations polymorphiques à double brin peut se faire par combinaison d'une sonde comprenant un agent de réticulation, et éventuellement un marqueur, avec un échantillon présentant une séquence cible complémentaire de la séquence de la sonde ou présentant un ou quelques mésappariements avec elle. Après un temps suffisant pour permettre l'hybridation, dans des conditions douces ou peu rigoureuses, les paires hybridées sont irradiées pour entraîner la formation de réticulations par l'agent réticulant. L'échantillon est alors analysé par électrophorèse sur gel dénaturant, le taux de migration dépendant du degré de complémentarité entre la sonde et la cible. Dans une deuxième expérience corroborante, la sonde peut être combinée à l'échantillon dans des conditions très rigoureuses où il se trouve que la formation de sondes/cibles réticulées est sensiblement moindre pour les paires mésappariées que pour les paires parfaitement appariées. Après réticulation, les échantillons peuvent être séparés par électrophorèse sur gel pour permettre d'évaluer la quantité d'acide nucléique réticulé.
Designated States: AU, CA, CN, JP, KR, MX
European Patent Office (AT, BE, CH, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)
Also published as:
EP0863998JPH11514525 CN1207137CA2236675AU1996074837