WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO1994025860) METHOD AND SYSTEM FOR PROTEIN MODELING
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/1994/025860    International Application No.:    PCT/US1994/004822
Publication Date: 10.11.1994 International Filing Date: 28.04.1994
IPC:
C07K 1/00 (2006.01), G06F 17/50 (2006.01)
Applicants: IMMUNEX CORPORATION [US/US]; 51 University Street, Seattle, WA 98101 (US)
Inventors: SRINIVASAN, Subhashini; (US).
SUDARSANAM, Padmanaban; (US)
Agent: WIGHT, Christopher, L.; Immunex Corporation, 51 University Street, Seattle, WA 98101 (US)
Priority Data:
08/055,050 28.04.1993 US
Title (EN) METHOD AND SYSTEM FOR PROTEIN MODELING
(FR) PROCEDE ET SYSTEME DE MODELISATION DE PROTEINES
Abstract: front page image
(EN)A method in a computer system for modeling a three-dimensional structure of a model protein (112) is provided. In a preferred embodiment, the modeling is based upon a three-dimensional structure of a template protein (111) and an amino acid sequence alignment (113) of the model protein and the template protein. The proteins comprise a plurality of amino acids having backbone atoms and side chain atoms. For each amino acid in the model protein, when the template protein has an amino acid aligned with the amino acid of the model protein, the position of each backbone atom of the amino acid of the model protein is established based on the position of a topologically equivalent backbone atom in the aligned amino acid of the template protein. The inter-atomic distance constraints for each pair of atoms with an established position is generated. Finally, the position of each atom in the model protein is set so that the inter-atomic distances are in accordance with the constraints.
(FR)Procédé de modélisation par ordinateur des structures tridimensionnelles d'une protéine modèle (112). Dans la réalisation préconisée, le façonnage se base sur la structure tridimensionnelle d'une protéine matrice (111) et sur l'alignement d'une séquence d'aminoacides (113) de la protéine modèle et de la protéine matrice. Les protéines comprennent plusieurs acides aminés présentant des atomes de squelette et des atomes de chaîne latérale. Pour chacun des acides aminés de la protéine modèle, et lorsque la protéine matrice présente un acide aminé aligné sur l'acide aminé de la protéine modèle, la position de chacun des atomes du squelette de l'acide aminé de la protéine modèle est déterminée en fonction de la position d'un atome du squelette topologiquement équivalent de l'acide aminé aligné de la protéine matrice. On crée ainsi les contraintes de distances interatomiques pour chaque paire d'atomes ayant une position déterminée. Finalement, la position de chacun des atomes de la protéine modèle est définie de façon à ce que les distances interatomiques concordent avec les contraintes.
Designated States: AU, CA, FI, JP, KR, NO, NZ.
European Patent Office (AT, BE, CH, DE, DK, ES, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)