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1. EP3415636 - METHOD FOR DETECTING TARGET NUCLEIC ACID AND NUCLEIC ACID PROBE USED THEREIN

Office European Patent Office
Application Number 17750207
Application Date 06.02.2017
Publication Number 3415636
Publication Date 19.12.2018
Publication Kind A4
IPC
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
N
MICRO-ORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICRO-ORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15
Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09
Recombinant DNA-technology
[IPC code unknown for C12Q 1/6844]
[IPC code unknown for C12Q 1/6876]
G PHYSICS
01
MEASURING; TESTING
N
INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
21
Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using infra-red, visible, or ultra-violet light
75
Systems in which material is subjected to a chemical reaction, the progress or the result of the reaction being investigated
77
by observing the effect on a chemical indicator
78
producing a change of colour
C12Q 1/68
C12N 15/09
C12Q 1/6844
C12Q 1/6876
G01N 21/78
CPC
C12Q 1/6846
C12N 15/09
C12Q 1/68
G01N 21/78
C12Q 1/6876
G01N 21/6428
Applicants EIKEN CHEMICAL
Inventors SAEKI RYOHEI
Designated States
Priority Data 2016022659 09.02.2016 JP
2017004191 06.02.2017 JP
Title
(DE) VERFAHREN ZUM NACHWEIS EINER ZIELNUKLEINSÄURE UND DARIN VERWENDETE NUKLEINSÄURESONDE
(EN) METHOD FOR DETECTING TARGET NUCLEIC ACID AND NUCLEIC ACID PROBE USED THEREIN
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTECTION D'ACIDE NUCLÉIQUE CIBLE ET SONDE D'ACIDE NUCLÉIQUE UTILISÉE DANS CE PROCÉDÉ
Abstract
(EN)
In one embodiment, the present invention is a nucleic acid probe for detecting a target nucleic acid. At least one terminal of the probe-binding region in the target nucleic acid is a guanine base, and one or more cytosine bases are present within 1 to 7 bases from the guanine base in the probe-binding region. The nucleic acid probe hybridizes with the probe-binding region of the target nucleic acid. The nucleic acid probe comprises an oligonucleotide having a cytosine base facing the guanine base on a terminal and a fluorescent dye conjugated to the cytosine base. The fluorescent dye is a fluorescent dye that is quenched by the interaction with a guanine base. The oligonucleotide is completely complementary to the nucleic acid in the probe-binding region except the one or more cytosine bases present within 1 to 7 bases from the terminal guanine base. The base in the oligonucleotide facing the cytosine base closest to the terminal guanine base among the one or more cytosine bases is a base having no fluorescence-quenching effect.

(FR)
La présente invention concerne, dans un mode de réalisation, une sonde d'acide nucléique qui détecte un acide nucléique cible. Au moins une terminaison de la région de fixation de la sonde de l'acide nucléique cible est une base guanine, et au moins une base cytosine est présente dans la région de fixation de la sonde dans 1 à 7 bases de la base guanine. La sonde d'acide nucléique s'hybride avec la région de fixation de la sonde de l'acide nucléique cible. La sonde d'acide nucléique est dotée d'un oligonucléotide présentant, à une de ses terminaisons, une base cytosine opposée à la base guanine, et est également dotée d'un colorant fluorescent lié à la base cytosine. Le colorant fluorescent est un colorant fluorescent qui subit une extinction par interaction avec la base guanine. L'oligonucléotide est totalement complémentaire à l'acide nucléique de la région de fixation de la sonde excluant la base cytosine présente dans 1 à 7 bases issues de la base guanine de terminaison, et la base dans l'oligonucléotide opposée à la base cytosine qui, parmi les bases cytosine, est plus proche de la base guanine de terminaison, est une base dépourvue d'une activité d'extinction de fluorescence.