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1. (WO2018227030) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
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Veröff.-Nr.: WO/2018/227030 Internationale Anmeldenummer PCT/US2018/036571
Veröffentlichungsdatum: 13.12.2018 Internationales Anmeldedatum: 08.06.2018
IPC:
G06F 19/22 (2011.01) ,A61K 39/00 (2006.01) ,A61K 38/10 (2006.01) ,A61K 35/15 (2015.01) ,C07K 7/08 (2006.01)
G Physik
06
Datenverarbeitung; Rechnen; Zählen
F
Elektrische digitale Datenverarbeitung
19
Digitale Rechen- oder Datenverarbeitungsanlagen oder -verfahren, besonders angepasst an spezielle Anwendungen
10
Bioinformatik, d.h. Verfahren oder Anlage zur Verarbeitung von genetischen oder proteinbezogenen Daten in der rechergestützten Molekularbiologie
22
für den Sequenzvergleich unter Einbeziehung von Nukleotiden oder Aminosäuren, z.B. Homologie-Suche, Sequenzmotiv- oder SNP [Einzelnukleotid-Polymorphismen]- Ermittlung oder Sequenz-Alignment
A Täglicher Lebensbedarf
61
Medizin oder Tiermedizin; Hygiene
K
Präparate für medizinische, zahnärztliche oder kosmetische Zwecke
39
Medizinische Präparate die Antigene oder Antikörper enthalten
A Täglicher Lebensbedarf
61
Medizin oder Tiermedizin; Hygiene
K
Präparate für medizinische, zahnärztliche oder kosmetische Zwecke
38
Medizinische Präparate die Peptide enthalten
04
Peptide mit bis zu 20 Aminosäuren in einer vollständig definierten Sequenz; Derivate davon
10
Peptide, die 12 bis 20 Aminosäuren enthalten
[IPC code unknown for A61K 35/15]
C Chemie; Hüttenwesen
07
Organische Chemie
K
Peptide
7
Peptide mit 5 bis 20 Aminosäuren in einer vollständig definierten Sequenz; Derivate davon
04
lineare Peptide, die nur normale Peptidbindungen enthalten
08
mit 12 bis 20 Aminosäuren
Anmelder:
GRITSTONE ONCOLOGY, INC. [US/US]; 5858 Horton Street, Suite 210 Emeryville, CA 94608, US
Erfinder:
BULIK-SULLIVAN, Brendan; US
YELENSKY, Roman; US
BUSBY, Jennifer; US
DERTI, Adnan; US
Vertreter:
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
KINCH, Mark; US
KABLER, Kevin; US
HUBL, Susan, T.; US
HURT, Nicholas; US
Prioritätsdaten:
62/517,78609.06.2017US
Titel (EN) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
(FR) IDENTIFICATION, PRODUCTION ET UTILISATION DE NÉO-ANTIGÈNES
Zusammenfassung:
(EN) Disclosed herein is a system and methods for determining the alleles, neoantigens, and vaccine composition as determined on the basis of an individual's tumor mutations. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from a tumor. Further, described herein are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genome data. Further, described herein are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A utility score indicating an estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigen candidates identified for the patient. The subset of patients are selected based on the determined utility scores. The selected subset of patients can receive treatment, such as neoantigen vaccines or checkpoint inhibitor therapy. Finally, described herein are unique cancer vaccines.
(FR) L'invention concerne un système et des procédés pour déterminer des allèles, des néo-antigènes et une composition de vaccin tels que déterminés sur la base de mutations tumorales d'un individu. L'invention concerne également des systèmes et des procédés permettant d'obtenir des données de séquençage de haute qualité à partir d'une tumeur. En outre, la présente invention concerne des systèmes et des procédés pour identifier des changements somatiques dans les données génomiques polymorphiques. En outre, l'invention concerne des systèmes et des procédés pour sélectionner un sous-ensemble de patients pour un traitement. Un score d'utilité indiquant un nombre estimé de néo-antigènes présents sur la surface de cellules tumorales est déterminé pour chaque patient sur la base d'un ou de plusieurs néo-antigènes candidats identifiés pour le patient. Le sous-ensemble de patients est sélectionné sur la base des scores d'utilité déterminés. Le sous-ensemble sélectionné de patients peut recevoir un traitement, tel qu'un vaccin à néo-antigène ou une thérapie par inhibiteur de point de contrôle. L'invention concerne enfin des vaccins anticancéreux uniques.
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Designierte Staaten: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasische Patentorganisation (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Europäisches Patentamt (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Veröffentlichungssprache: Englisch (EN)
Anmeldesprache: Englisch (EN)