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1. (WO2018161981) VERFAHREN ZUR DETEKTION VON BEKANNTEN NUKLEOTID-MODIFIKATIONEN IN EINER RNA
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Veröff.-Nr.: WO/2018/161981 Internationale Anmeldenummer PCT/DE2018/000044
Veröffentlichungsdatum: 13.09.2018 Internationales Anmeldedatum: 21.02.2018
IPC:
C12Q 1/6869 (2018.01)
[IPC code unknown for C12Q 1/6869]
Anmelder:
JOHANNES GUTENBERG-UNIVERSITÄT MAINZ [DE/DE]; Saarstrasse 21 55122 Mainz, DE
Erfinder:
HELM, Mark; DE
HAUENSCHILD, Ralf; DE
TSEROVSKI, Lyudmil; DE
WERNER, Stephan; DE
HILDEBRANDT, Andreas; DE
LECLAIRE, Jennifer; DE
KEMMER, Thomas; DE
Vertreter:
RUDOLPH, Ulrike; In der Schanz 10 69198 Schriesheim, DE
Prioritätsdaten:
10 2017 002 092.204.03.2017DE
Titel (EN) METHOD FOR DETECTING KNOWN NUCLEOTIDE MODIFICATIONS IN AN RNA
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTECTION DE MODIFICATIONS CONNUES DE NUCLÉOTIDES DANS UN ARN
(DE) VERFAHREN ZUR DETEKTION VON BEKANNTEN NUKLEOTID-MODIFIKATIONEN IN EINER RNA
Zusammenfassung:
(EN) The method comprises: the reverse transcription of the template RNA; the amplification and high-throughput sequencing of the cDNAs obtained therefrom; the mapping of the sequenced cDNAs/reads to the reference genome using computer-assisted alignment methods; a computer-assisted evaluation of the mapping results with regard to the reverse transcription event pattern (the RT signature) using the nucleotide positions; and feeding the digitalised data of the RT signatures into a computer-based classification system on the basis of supervised machine learning. Reverse transcription is carried out in parallel reaction batches with different reverse transcriptases and/or under different reaction conditions. The evaluation of the mapping results with regard to the RT signature is carried out using the events 'termination' and/or 'readthrough with mismatch' and/or 'readthrough with sequence gap(s)'. RT signature data obtained using the parallel reaction batches are fed into the classification system.
(FR) L'invention concerne un procédé comprenant la transcription inverse de la matrice d'ARN, l'amplification et le séquençage à haut débit des ADNc ainsi obtenus, le mappage des ADNc/lectures séquencés pour obtenir un génome de référence à l'aide d'un procédé d'alignement assisté par ordinateur, une évaluation assistée par ordinateur des résultats de mappage concernant le motif d'événement de transcription inverse (la signature de transcription inverse) au niveau des positions de nucléotides et l'alimentation des données numérisées des signatures de TI dans un système de classification informatisé, basé sur un apprentissage automatique surveillé. La transcription inverse est réalisée dans des mélanges réactionnels parallèles avec des transcriptases inverses différentes et/ou dans des conditions réactionnelles différentes. L'évaluation des résultats de mappage concernant la signature de transcription inverse est effectuée en utilisant les événements "Terminaison" et/ou "Lecture avec mésappariement" et/ou "Lecture avec trou(s) de séquence". Les données de signatures de transcription inverse obtenues sont alimentées dans le système de classification avec les mélanges réactionnels parallèles.
(DE) Das Verfahren umfasst die Reverse Transkription der Template-RNA, die Amplifizierung und Hochdurchsatz-Sequenzierung der dabei gewonnenen cDNAs, das Mapping der sequenzierten cDNAs/Reads zum Referenzgenom mit computergestützten Alignment-Verfahren, eine computergestützte Auswertung der Mappingergebnisse hinsichtlich des Reverse-Transkriptions-Ereignismusters (der RT-Signatur) an den Nukleotid-Positionen und Einspeisung der digitalisierten Daten der RT-Signaturen in ein computer-basiertes, auf überwachtem maschinellem Lernen beruhendes Klassifizierungssystem. Die Reverse Transkription wird in parallelen Reaktionsansätzen mit verschiedenen Reversen Transkriptasen und/oder veschiedenen Reaktionsbedingungen durchgeführt. Die Auswertung der Mapping-Ergebnisse hinsichtlich der RT-Signatur erfolgt unter Verwendung der Ereignisse 'Abbruch' und/oder 'Read-Through mit Mismatch' und/oder 'Read-Through mit Sequenzlücke(n)'. Mit den parallelen Reaktionsansätzen gewonnene Daten von RT-Signaturen werden in das Klassifizierungssystem eingespeist.
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Veröffentlichungssprache: Deutsch (DE)
Anmeldesprache: Deutsch (DE)