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1. (WO2005118861) COMPOSITIONS AND METHODS FOR PRODUCING LIBRARIES WITH CONTROLLED COMPOSITIONS AND SCREENING PROBABILITES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2005/118861    International Application No.:    PCT/US2005/013236
Publication Date: 15.12.2005 International Filing Date: 19.04.2005
IPC:
C40B 10/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES [US/US]; 10010 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037 (US) (For All Designated States Except US).
O'MAILLE, Paul, E. [US/US]; (US) (For US Only).
NOEL, Joseph, P. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: O'MAILLE, Paul, E.; (US).
NOEL, Joseph, P.; (US)
Agent: GORDON, Debra, A.; Klarquist Sparkman, LLP, One World Trade Center, Suite 1600, 121 SW Salmon Street, Portland, OR 97204 (US)
Priority Data:
10/827,914 19.04.2004 US
Title (EN) COMPOSITIONS AND METHODS FOR PRODUCING LIBRARIES WITH CONTROLLED COMPOSITIONS AND SCREENING PROBABILITES
(FR) COMPOSITIONS ET PROCEDES DE PRODUCTION DE BIBLIOTHEQUES AVEC DES PROBABILITES CONTROLEES DES COMPOSITIONS ET DE CRIBLAGE
Abstract: front page image
(EN)The invention provides a method for the combinatorial mutagenesis of a parental nucleic acid. The method consists of: (a) extending by enzymatic polymerization a first mutagenic primer annealed to a parental nucleic acid to produce an extension product; (b) treating said extension product with a cleaving reagent selective for a nucleotide sequence present in the parental nucleic acid but absent in the first product; (c) extending by enzymatic polymerization a first PAP annealed to a noncontiguous region of said mutagenic primer to produce a first product having a first mutagenized portion comprising one or more altered nucleotides, the first PAP containing a unique sequence tag associating mutations within the first mutagenic primer with the first PAP; (d) annealing the first product to the parental nucleic acid, and (e) extending by enzymatic polymerization the annealed first product to produce a first modified parental nucleic acid containing a first mutagenized portion. The first product can additionally be amplified. The method also provides the additional step: (f) amplifying the first modified parental nucleic acid containing a first mutagenized portion by polymerase extension of an annealed first SAP to the unique sequence tag contained in the first PAP and an annealed second PAP to the first modified parental nucleic acid, the first and second PAPs corresponding to flanking regions of the parental nucleic acid. The method additionally provides the steps of: (g) repeating steps (a) through (c) one or more times with a second mutagenic primer and a third PAP to noncontiguous regions of the parental nucleic acid to a second product having a second mutagenized portion, the third PAP containing a unique sequence tag associating mutations within the second mutagenic primer with the second PAP, and (h) repeating steps (d) through (e) or steps (d) through (f) one or more times by annealing the second product produced in step (g) to the parental nucleic acid or the first modified parental nucleic acid produced in step (e) or (f) to generate a second modified parental nucleic acid containing a first mutagenized portion and at least one second mutagenized portion. Steps (g) and (h) can be repeated one or more times with tertiary mutagenic primers.
(FR)L'invention porte sur un procédé s'appliquant à la mutagenèse combinatoire de l'acide nucléique parental. Le procédé consiste à: (a) développer par polymérisation enzymatique une première amorce mutagène fusionnée à un acide nucléique parental pour obtenir un produit d'extension; (b) traiter ce produit d'extension avec un réactif de clivage sélectif pour une séquence nucléotidique présente dans l'acide nucléique parental, mais absente dans le premier produit; (c) développer par polymérisation enzymatique une première amorce d'amplification primaire (PAP) fusionnée à une région non contiguë de l'amorce mutagène pour obtenir un premier produit ayant une première partie mutagénisée comprenant un ou plusieurs nucléotides modifiés, la première PAP contenant une étiquette à séquence unique associant des mutations à l'intérieur de la première amorce mutagène avec la première PAP; (d) fusionner le premier produit à l'acide nucléique parental et (e) développer par polymérisation enzymatique le premier produit fusionné pour obtenir un premier acide nucléique parental modifié contenant une première partie mutagénisée. Le premier produit peut être additionnellement amplifié. Le procédé consiste également à: (f) amplifier le premier acide nucléique parental modifié contenant une première partie mutagénisée par développement par polymérase d'une première PAP fusionnée à l'étiquette à séquence unique contenue dans la première PAP et une seconde PAP fusionnée au premier acide nucléique parental modifié, les première et seconde PAP correspondant aux régions adjacentes de l'acide nucléique parental. Le procédé consiste encore à: (g) répéter les étapes (a) à (c) une ou plusieurs fois avec une seconde amorce mutagène et une troisième PAP aux régions non contiguës de l'acide nucléique parental à un second produit ayant une seconde partie mutagénisée, la troisième PAP contenant une étique à séquence unique associant des mutations à l'intérieur de la seconde amorce mutagène avec la seconde PAP, et (h) répéter les étapes (d) à (e) ou les étapes (d) à (f) une ou plusieurs fois par fusionnement du second produit obtenu à l'étape (g) à l'acide nucléique parental ou le premier acide nucléique parental modifié obtenu à l'étape (e) ou (f) afin de générer un second acide nucléique parental modifié contenant une première partie mutagénisée et au moins une seconde partie mutagénisée. Les étapes (g) et (h) peuvent être répétées une ou plusieurs fois avec des amorces mutagènes tertiaires.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Org. (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)